吐鲁番高昌故城，曾是高昌王国的都城，是西域最大的古城遗址，这里曾经是西域最大的国际商会、宗教中心、以及亚州巨大的印刷中心之一。故城历史悠久，公元前一世纪始建高昌壁，于公元十三世纪未毁于战火。虽然经过2000多年的风吹日晒，故城轮廓犹存，城墙气势雄伟屹立在火焰山下。1961年列为国家重点文物保护单位。
高昌故城位于吐鲁番市以东约40公里处火焰山以南，艾丁湖北岸，海拔-50米。又叫“亦都护城”。城郭高耸，街衙纵横，护城河道的残迹犹存，城垣保存基本完好，分内城、外城、宫城三重。外城大体呈正方形，墙厚12米，高11.5米，周长5.4公里。为夯土板筑，部分地段用土坯修补，外围有凸出的马面。全城有九个城门，其中南面有三个城门，东、西、北、面各有两个城门。西面北边的城门保存最好。
内城居外城正中；西南两面城墙大部分保存完好。周长约3公里。宫城为长方形，居城北部，北宫墙即外城北墙，宫墙即内城北墙。这一带尚存多座3-4米高的土台，当时为回鹘高昌宫廷之所在。内城中偏北有一高台，上有高达15余米的土坯方塔，俗称“可汗堡”，意为王宫，稍西有一座地上地下双层建筑，可能为宫殿遗址。
外城内西南有一大型寺院，寺门东西长约130米，南北宽约85米，占地约1万平方米，由山门、庭院、讲经堂、藏经楼、大殿、僧房等组成。大殿内尚残存壁画痕迹。唐代高僧玄奘西游取经，于贞观二年（628年）春，曾到高昌国讲经一月余，据即在此寺内。寺院附近，还残存手工作坊和集市遗址。外城内东南部有一小型寺院，残存的壁画较上述大寺完美。
高昌故城在当时确是水源充足，城墙坚固，四通八达的一个西域三国首府。今天仍可以从其高耸的城墙看出它旧日的雄风。由于古城地处盆地平原中央，城高壕深，易守难攻，自古以来就是西域的军事重镇。高昌故城奠基于公元前一世纪，办当时西汉王朝在此进行屯田的部队所建。《魏书》中记载因其“地势高敞，人庶昌盛”故名“高昌”。此后，它在内外形势的影响下，人口不断增加，经济日益发展、繁荣。两汉王朝经营建设西域，一直把这里作为重要的根据地。屯田部队的最高指挥机关一戊已校尉府先是在交河，以后就迁在高昌。此后历经魏晋均派有戊已校尉驻此城，管理屯田，故又被称为“戊已校尉城”。327年，前原张骏在此置高昌郡，继之又先后为前泰、后凉、西凉、北凉所管辖。442年，北凉沮渠无讳在此建立了政权。450年，沮渠安周攻破交河城，灭车师前国。吐鲁番盆地政治、经济、文化的中心邀由交河城完全转移到高昌。460年，柔然人杀北凉王沮渠安周，立阔伯周为高昌王；高昌至此开始称王。此后，在高昌称王的姓氏有张氏、马氏和狗氏，其中以掬民统治高昌时间最长，大约140年之久。这些“高昌王”均受中原正朝的册封。翰伯雅还曾到隋朝长安觐见并娶隋华容公主为妻。640年唐统一高昌，在此置西州，下辖五县，人口37000人。九世纪中叶以后，漠北草原回骼汗国衰亡，西迁的一支在此建立了回骼高昌国，疆域范围远远超过了今日吐鲁番盆地。1209年，高昌回鹃臣服蒙古。十三世纪中叶以后，天山以北广大地区的蒙古游牧贵族以海都、都哇为首发动叛乱，多次侵犯回鹘高昌国，1275年一次出兵12万国攻火州（高昌）达半年之久。战争持续达40年之久，高昌终于在战乱中被毁。自此便逐渐被废弃，现在只能见到残垣断壁，任后人凭吊。
现存的故城遗址，是高昌回鹃时期在唐代高昌城的基础上建设而成的，全城呈不规则正方形，总面积约220万平方米，城市布局大致与唐长安城相仿，在历经多年建设后形成今天的规模，它主要有三部分组成，首先有外城，外城城墙轮廓基本完整，部分地段保存极好，周长约5.4公里，城墙基厚12米，高达11.5米。每面有2－3座城门，其中西面靠北的城门保存最为完好，有曲折的瓮城和大量的马面，均为夯土筑成，夯层厚8到12厘米，间杂少量的土坯，有极清晰的夹棍眼，外城的东南和西南部分，还可以看出有寺院的遗址。故城外城是掬氏高昌时期所建。出土文书中有“论块中城”、“东南坊”、“西南访”等记载，说明当时此城已有外、中之分，东、南、西、北之别，并有各城门的名称，如：青阳门、会德门等，同时在唐代西州时期还有子城。外城内又有内城，内城居外城正中，即外城的中间，宫城的南面。城墙全为夯土筑成。西、南两面的城垣大部分还保存下来，间有破坏的地方，东面只能看到东北角的高地与东南角的一个土台基，北面正中和西北角还有一部分残垣基地，至于城门的遗址从地面上一点痕迹也找不到了。据测算，内城周长约3600米，和《隋书》中的记录基本一致。其建筑年代较外城早，平面呈南北长方形，内城主要是宫城和寺院建筑等。内城中就是宫殿，宫城居全城最北部，外城的北墙是宫城的北墙，内城的北墙是宫在的南墙。整个宫城平面呈长方形，周长约700米，西墙还有几处残基，连接起来，可以看出遗迹。东墙完全被破坏，什么也看不到了。宫城内留存下的许多高大的殿基，一般高3.5米至4米左右，夯层厚度约35-48厘米，可以看出是一座高达四层的宫殿建筑遗址。早期的宫城在今“可汗堡”内。鞠氏高昌时期随着外城的修建，宫城送迁至北部，南面而王，与隋唐时长安城的布局相似，回骼高昌时期宫城曾大动土木。