根据国务院三峡工程建设委员会办公室(国务院三峡工程建设委员会三峡工程稽察办公室)主要职责，办公室下设9个职能司(局)：
(一)综合司(信访办公室)
组织起草三峡工程建设有关法规草案和会议文件；
负责政策研究、会议组织、文电管理、秘书事务、保密及档案管理等机关政务工作；
提出三峡工程对内对外宣传口径，对外发布三峡工程重要信息，协调三峡工程重大宣传活动；
负责机关政务信息化建设；管理机关和直属单位干部人事工作；
负责人民来信来访接待处理工作；
组织协调三峡工程与外国政府机构、组织间的合作与交流，管理机关和相关单位外事工作。
(二)资金计划司
监督三峡工程投资概算的总量控制，组织实施投资控制风险分析；
审核需报国务院三峡工程建设委员会审批的预备费项目和投资结余使用项目计划以及年度投资价差；
协调、平衡三峡工程投资计划和进度；安排移民年度大类计划并对执行情况进行监督；
研究提出三峡工程资金筹集政策、方案并协调落实；
负责三峡库区移民资金财务管理和移民统计工作；
参与协调三峡工程建设管理体制的有关工作。
(三)移民安置规划司
管理三峡库区移民搬迁安置工作；
监督三峡库区移民搬迁安置规划的实施和调整，促进三峡库区经济发展和社会稳定；
管理三峡移民工程建设及监理、移民科研、淹没区及迁建区文物保护、移民概算资金中安排的环境保护和地质灾害治理等工作，参与协调三峡库区地质灾害防治工作。
(四)技术与装备司
组织协调三峡枢纽工程初步设计方案的重大修改和争议较大的技术问题；
联系三峡枢纽工程建设质量、设备质量、施工安全监督管理工作，联系三峡枢纽工程质量检查组的有关工作；
协调三峡工程高新技术和重大装备的科技攻关、自主化(国产化)以及国际招标等工作；
研究协调三峡枢纽运行管理体制有关问题和三峡工程防洪、发电、航运等综合调度方案。
(五)经济技术合作司
研究提出全国有关省、市、自治区和中央有关部门对口支援三峡库区的政策建议和具体措施，组织、协调和推动对口支援三峡库区移民工作；
推进三峡库区高效生态农业发展，促进库区农村产业结构调整；研究提出三峡库区工矿企业迁建工作管理办法及年度计划资金安排意见，协助有关部门做好三峡库区搬迁工矿企业结构调整工作；
协助有关方面为三峡库区引进国内外资金和技术。
(六)外迁协调司
研究提出三峡工程外迁移民安置工作的政策建议及相关管理办法；
协调外迁移民安置规划工作，编制外迁移民安置年度计划并对执行情况进行指导和监督；
协调处理移民外迁工作中的有关问题。
(七)水库管理司
研究提出三峡水库管理的有关制度，协调三峡工程建设期三峡水库的管理工作；
研究提出三峡水库水、土(含消落区)、岸线资源管理和移民后期扶持的政策建议；
参与协调三峡库区生态建设和环境保护、泥沙研究工作，具体组织三峡工程生态环境监测和三峡枢纽概算中安排的坝区以外生态建设、环境保护科技攻关工作；
参与三峡工程断航碍航期翻坝方案和补偿方案的研究工作。
(八)稽察司
负责三峡枢纽工程、输变电工程和移民工程稽察的组织工作，提出稽察报告，督促检查稽察整改意见落实情况；负责三峡工程阶段性验收的组织协调工作。
(九)监察局
组织协调湖北省、重庆市和安置外迁移民的省、直辖市对三峡工程移民资金的使用管理情况进行监督检查；
负责机关及相关单位党风廉政建设工作。
负责组织机关和直属单位财务的内部审计工作。
机关党委 负责机关和在京直属单位的党群工作。
