可能是你自己理解错了。
首先,增值税一般纳税人辅导期和企业所得税纳税年度一般是不会重合的,也不会因为你辅导期结束而改变;
其次,4%应该是刚开业办理税种鉴定或者每年度之初就在税局的系统里定下来的,不是你填多少就多少,之前你填1%都无事可能是你们没有发生应税收入,不用扣税,有收入了自然就按4%计算了。
最后,4%是批零里面最优惠的,我们这边一般都不能套最低的:
应税所得率(%)
农、林、牧、渔业 3-10
制造业 5-15
批发和零售贸易业 4-15
交通运输业 7-15
建筑业 8-20
饮食业 8-25
娱乐业 15-30
其他行业 10-30
补充:你所讲的同行业1%,可能是地税实行的带征率,即系营业收入直接乘以1%,和你们用 营业收入*4%*25%(内外资统一的税率)计算出来是一样的。你可以耐心点比较一下 :)
参考资料:参看 国税发【2008】第30号 等