为了巩固
元朝的统治，元政府采取了如下措施：
（1）建立了行省制度。在中央，设置中书省，作为全国最高行政机构，并直接管辖大都及周围地区。在地方，设置行省，由中央委派官员管理；
（2）元朝在中央设宣政院，管理全国佛教和藏族事务；西藏正式成为我国中央政府直接管辖的行政区域。
（3）元朝还设置澎湖巡检司，管辖澎湖和
琉球。
行省制度：
行省制是13世纪以来中国的主要行政模式，源于元朝，明清两朝得到发展，最终影响了现代中国的行政体制。
蒙古族在大蒙古国时期，
燕京、别失八里、阿母河三断事官及归降的
金朝官吏、军阀等，也称为行尚书省或行省。不过，这些都算不上严格意义上的行省。
忽必烈建元朝后，正式在朝廷设置中书省总领全国政务，时称“都省”。元朝在全国共设10个行省，即岭北、辽阳、河南江北、陕西、四川、甘肃、云南、江浙省、江西、湖广。而山东、山西、河北和内蒙古等地则称为“腹里”，由中书省直辖。
宣政院：
宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关。
由帝师兼领。忽必烈始置总制院，后改为宣政院。
从此，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
澎湖巡检司：
澎湖巡检司（澎湖寨巡检司），元明时期设置于
澎湖群岛的官署。
1281年（
元世祖至元十八年）设置，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检。明初循之。
1384年（
明太祖洪武十七年），因为实施海禁政策而废除澎湖巡检司。1563年，考量到沿海治安等因素，复设。
1622年，荷兰人占领澎湖。1624年，明军收复澎湖。
巡检司：
巡检司始于五代，盛于两宋，金及西夏也有类似设置。元因宋金遗制，所设巡检司主要为州县所属捕盗官，另有京师、沿海、蛮夷地区的较特殊形态。在元代官署中，巡检司是品秩最低的一种。但因澎湖巡检司之设，以闻名通途，颇为世人所瞩目，而且在宋元明清巡检司系列中社区捕盗官属性最为典型。
巡检司在元朝，明朝与清代为县级衙门底下的基层组织。该组织于元朝时，通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官管，其功能性以军事为主。明朝依其例沿用，不过佐以行政权力。
晚清，
中国人口大增，相对的县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有通判等官职设置。