NCBI选择数据库

Question

我的测序结果在NCBI上比对后,Database选择Nucleotide collection(nr/nt)数据库时，相似度达到100%的有好几十种．
选择NCBI genomes(chromosome)时,相似度100%的就只有几种.
是什么原因,这两种数据库有什么不同,应该以哪个为准呢.
我测的片段只有 200bp,有没有关系的?
谢谢!

Answer 1

原理很简单后者是前者的子集。chromosome只包含所有已经测序的基因组数据。估计你的序列可能只是在高等生物中保守，所以才会出现选择chromosome数据库时相似数量下降非常多。

在做BLAST的时候，我们通常需要根据不同的目的选择不同的数据库。例如，要看一下测的序列是不是子集所期望的序列，以及，那nr数据库是最好的选择。至于以谁为准，因需要解决的问题而异。读一下blast每个数据库的定义，对于你选择数据库最有帮助。有一个基本原则是：nr数据库可以满足绝大多数的需求。少数特殊需求可以通过其他数据库完成，例如最近30天内的更新序列，搜索新基因这是必查的；题目中的chromosome数据库是只包含了全基因组或全染色体的数据。详参NCBI Blast说明。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#nucleotide_databases