同一所大学第二轮建设学科与第一轮建设学科有所增加，个别院校的建设学科撤销。例如，
北京理工大学新增物理学;北京师范大学在第二轮中新增哲学、心理学、外国语言文学，第一轮中的语言学在第二轮中并未出现;复旦大学在第二轮中新增应用经济学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、公共卫生与预防医学、集成电路科学与工程;第一轮中的机械及航空航天和制造工程、现代语言学被撤销。还有很多其他院校建设学科的变化，已为大家整理到名单中，详细查看列表。
第二轮不再区分一流大学建设高校和一流学科建设高校。在2017年9月21日公布的首批"双一流"建设高校及建设学科名单，其中
世界一流大学建设高校42所(A类36所，B类6所)，
世界一流学科建设高校95所;双一流建设学科共计465个(其中自定学科44个)。
第二轮
“双一流”建设高校和建设学科中明确指出北京大学、
清华大学自主确定建设学科并自行公布。
第一轮建设高校是137所，第二轮名单中新增7所院校。广东省新增3所广州医科大学、
华南农业大学、南方科技大学，江苏省新增1所南京医科大学，山西省新增1所山西大学，上海新增1所上海科技大学，湖南省新增1所湘潭大学。