工龄39年和40年的区别主要在于退休工资的数额不同。
因为二者计算的年限不同，所适用的档次也不同。具体需要结合地方的规定，才能予以确定。职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金。参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费不足十五年的，可以缴费至满十五年，按月领取基本养老金；也可以转入新型农村社会养老保险或者城镇居民社会养老保险，按照国务院规定享受相应的养老保险待遇。另外，退休养老金的多与少除了受到工龄因素的影响，还需要考虑当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等。
所谓工龄，是指职工自与单位建立劳动关系起，以工资收入为主要来源或全部来源的工作时间。对计算社会保险待遇有法律意义的只是连续工龄和缴费工龄。工龄的长短标志着职工参加工作时间的长短，也反映了职工对社会和企业的贡献大小和知识、经验、技术熟练程度的高低。工龄可分为一般工龄和本企业工龄。一般工龄是指职工从事劳动、工作的总时间。在计算一般工龄时，应包括本企业工龄（即：把之前的工龄“存储”后，再把工龄“清零”，与新单位去签约）。
在计算一般工龄时，应包括本企业工龄在内，但计算连续工龄时不应包括一般工龄（一般来说，因个人原因间断工作的，其间断前的工作时间只能计算为一般工龄）。现今确定职工保险福利待遇和是否具备退休条件时，一般只用连续工龄。
《中华人民共和国社会保险法》第十五条 基本养老金由统筹养老金和个人账户养老金组成。基本养老金根据个人累计缴费年限、缴费工资、当地职工平均工资、个人账户金额、城镇人口平均预期寿命等因素确定。
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