要正确处理本案，关键在于解决保险中的特别约定是否有效？
一、保险合同中的该特别约定的性质
《中华人民共和国保险法》第一百零六条规定，商业保险的主要险种的基本保险条款和保险费率，由金融监督管理部门制订；保险公司拟订的其他险种的保险条款和保险费率，应当报金融监督管理部门备案。为规范机动车辆市场行为，督促保险公司稳健经营，中国保险监督管理委员会根据《保险法》的有关规定，制定了机动车辆保险条款，并经中国人民银行批准，同时，对机动车辆保险条款作出解释。因此，机动车辆保险合同不同与其他的合同，机动车辆保险条款是机动车辆保险的法定条款，该法定条款没有制定特别约定栏的内容。
本案保险人在保险单中特别约定栏的内容系发生特别约定的事项后保险人免除赔偿责任，被保险人无权获取赔偿的问题，该特别约定是在基本条款外设定的实体权利义务，用于限制和排除被保险人实体权利，同时免除保险人实体义务的约定，对投保人关系着其投保合同的目的能否实现，直接影响双方当事人的实体权利义务关系，因此，该特别约定实质是属于在中国人民银行批准的机动车保险条款外，以其自己事先拟定的格式合同形式，约定免除自己责任的条款，特别约定的内容其性质是责任免除条款。
二、本案保险合同中的责任免除条款不发生法律效力
1、责任免除条款未明确说明的，违背了保险合同的公平、诚实信用原则
保险合同是最大诚信合同。“最大诚信原则”既是对投保人的要求，也是对保险人的要求。按照该原则，投保人必须如实向保险人就保险标的的危险状况等重要事实作诚实的口头表达或书面陈述；保险人必须向投保人就保险合同的内容，特别是保险合同中约定的有关保险人的责任免除条款向投保人作出明确说明。因为投保人对保险业务比较陌生，有可能不知道免责条款的存在，或者不了解免责条款的法律意义，保险人应当采取合理方式提请投保人注意责任免除条款或者限责条款。投保人向保险人投保的目的是为将来可能发生保险事故时，获得赔偿，投保人对免责条款享有知情权，保险人事先有义务向投保人作完整详细、客观、真实的说明，保险人作出说明时，不仅能提醒投保人阅读有关保险人的责任免除条款或者限责条款，而且应当对该条款的内容、术语、目的以及适用等作出说明，保险人不得隐瞒责任免除条款或者限责条款。如果保险人事先不明确说明，就违反了保险法的诚实信用原则，同时也违背了投保人投保的初衷真实意思，只有保险人向被投保人明确说明，使投保人明确其投保的法律后果和法律意义，由投保人作出选择决定是否投保，只有这样才能真正反映投保人的真实意思。否则，违背了保险合同的公平、诚实信用原则，也违背了保险人投保的真实意思。
2、保险的免责条款未明确说明的无效
保险人在订立保险合同过程中处于优势地位，并有较丰富的实践经验，可能事先拟订一些不利于被保险人的格式条款，为保护不特定多数投保人的利益，要求保险人对保险合同条款有说明的义务，在订立保险合同时，保险人应当向投保人说明保险合同条款的内容，保险合同中规定有关保险人免除责任条款的，保险人应当向投保人明确说明。根据保险法第十七条规定：“保险合同中规定有关于保险人责任免除条款的，保险人在订立保险合同时应当向投保人明确说明，未明确说明的，该条款不产生效力。”
如何理解该条规定的“明确说明”是处理案件的关键所在。保险人认为，打印在保险单正面特别约定栏内的“保险车辆通过火车道口时，因违反《中华人民共和国道路交通管理条例》第四十四条有关规定，发生与火车相撞事故而造成的一切损失，保险人不负赔偿责任”和保险单正面明示告知栏内的“详细阅读所附保险条款，特别是有关责任免除和投保人、被保险人义务的部分”，证明保险人已经尽到了明确说明的义务。
如何认定保险人是否已经尽到了“明确说明”的义务呢？2000年1月21日最高人民法院法研[2000]]5号的批复对保险法第十七条规定的“明确说明”应当如何理解的问题进行了司法解释，该司法解释指出，这里所规定的“明确说明”是指保险人在与投保人签订保险合同之前或者签订保险合同之时，对于保险合同中所约定的免责条款，除了在保险单上提示投保人注意外，还应当对有关免责条款的概念、内容及其法律后果等，以书面或者口头形式向投保人或其代理人作出解释，以使投保人明了该条款的真实含义和法律后果。根据最高人民法院的司法解释，明确说明必须符合两个条件：第一、在保险单上提示投保人注意；第二、对有关免责条款的概念、内容及其法律后果等，以书面或者口头形式向投保人或其代理人作出解释，以使投保人明了该条款的真实含义和法律后果。因此，保险单正面明示告知栏内的内容只能认定为在保险单上提示投保人注意，符合第一个条件。保险公司仅凭保险单上的特别约定内容和明示告知内容，不足以证明尽到了明确说明的义务，因此，该免责条款不发生法律效力。
原告投保了车辆损失险，该险种已明确了由于碰撞原因造成保险车辆的损失和致使第三者遭受人身伤亡或财产的直接损毁，依法应由被保险人支付的赔偿金额，保险人负责赔偿，该事故系意外碰撞事故，该保险车辆与火车碰撞属于保险人保险责任范围内的碰撞事故。
综上，保险合同特别约定的免责条款未明确说明的，特别约定的免责条款不发生法律效力，保险人应当依法向已死亡的被保险人的继承人承担赔偿责任。