植物育种目标必须兼顾品种的丰产性适应性和抗病性三个方面有时对品种的品质抗逆性植物学性状以及用途等还会有特殊要求，也需要包括在育种目标中
(1)明确规定育成品种的主攻目标和兼抗范围:通常把危害最重流行频率最高而又有抗源可资利用的病害列为育种的主攻目标，其他病害列为兼抗病害有些病害虽然很重要，但缺乏抗病资源或虽有抗源但难以利用，都只能暂时排除在主要育种目标之外现在广泛使用的主效基因抗病性多是小种专化性的，对于育成品种所抵抗的小种亦应有明确的目标
(2)对所利用的抗病性类别要有明确的选择:由主效基因控制的过敏性坏死反应类型的抗病性，抗病效能高，鉴定和选择都较容易，应列为首选若现有抗源缺乏此种抗病性，或者为了防止抗病性“丧失”，可考虑使用微效基因抗病性不论应用哪种抗病性类型，都要尽可能地了解有关抗病基因的遗传性质和抗病性表达特点，以减少育种操作的盲目性
(3)合理确定抗病性水平:育成品种的抗病性水平，应能满足病害防治的实际需要，但不一定要免疫或高抗在常发流行区，对抗病性程度的要求要严格，应规定育成品种的抗病性达到较高水平在病害偶发区可降低抗病性的要求对主攻病害要有较高的抗病性程度，对兼治病害，只需要合理的抗病水平对于完全依赖品种防治的病害，抗病性的要求要高，而对已有配套的综合防治措施的病害，则应根据育种工作的难易程度和对产量品质的要求而全面权衡，定出切实可行的目标，而不应花费很大的代价，片面规定达到免疫或高抗程度
(4)要防止降低亲本品种原有的背景抗病性和削弱亲本群体的遗传基础:在选育低反应型抗病品种时，小种非专化性的定量抗病性状(“水平抗病性”)因得不到选择而逐渐减弱或消失，抗病性的遗传基础脆弱而具有丰富背景抗病性的品种，即使其主效抗病基因失效，也不会沦为高感品种必须提倡主效基因与微效基因的结合使用，尽量聚合较多抗病基因，拓展品种抗病遗传基础，不断丰富群体抗病性