复合肥效果最好施肥方式是用作基肥、用作追肥、用作种肥等。
1、用作基肥
复合肥的肥效比较长，一般会作为基肥，特别是对于短期生育的蔬菜。因为复合肥里面含有的氮磷钾很多种养分，农作物前期的这些养分比较敏感。控释复合肥在生产过程中采用了包衣肃立的工艺，要比单质化肥分解慢，养分流失的少，利用率高是非常适合作为基肥。一般一亩地使用30~40千克复合肥，不宜用于苗期，或者是中后期非避免使植株徒长。
2、用作追肥
复合肥如果用作追肥的话，容易导致磷钾元素流失浪费，因为撒在土壤表面的复合粉发挥其肥效作用，而且利用率还不高。如果基肥中没有使用复合肥的话，农户们可以在农作物出苗以后适当的开沟施一些复合肥，施完复合肥以后要立即的覆盖土壤。
3、用作种肥
一般来说不能使用高浓度的复合肥作为种肥，避免出现烧苗的现象，若是使用复合肥作为了总肥，只需要将种子与肥料适当的分开保持一些距离，在播种的时候可以将种子穴施，予使其与复合肥相距5~10厘米，不可以让种子与复合肥直接放在一起，容易引发肥害。
科学施用复合肥不能忽视的四大问题
1、土壤针对性问题。不同的地区，土壤环境条件有所不同。以钾元素为例，国内有些地方缺钾较为普遍，而有些地方却是只有部分土壤缺钾，北方大部分地区又暂不缺钾。因此说，不同的地区，农民在选择复合肥时，要注意有关肥料有效成分的配比。
2、作物的针对性问题。复合肥中是不是含有钾元素对农作物的优质高产具有普遍的决定性意义，因为钾元素对改善经济作物的品质具有良好作用。为此，农民朋友在考虑购买复合肥时，应当选择含钾的复合肥料。
3、因土质和不同作物选择问题。偏酸性土壤和旱田，适合选择硝酸磷肥系，中性和石灰性土壤适宜选用氯磷铵系，忌氯作物应选用含有硫酸钾的复合肥。尿素磷铵系则适合各种土壤和各种农作物施用。
4、与单质肥料配合施用问题。复合肥在施用时，最好按照科学施肥规律，针对不同的农作物与不同的单质肥料相配合一起施用，以满足不同农作物对氮、磷、钾等营养比例的需要。