没收后的投标保证金根据下列所述情况进行处理：
1、没收的保证金归属财政所有：如果招标人的违法行为，被财政监督所发现并没收，该保证金就应该归属财政所有，上缴国库充公。
2、没收的保证金归属代理机构所有：如果投标人的违法行为，给代理机构造成了损失，比如在招标文件规定的投标截止时间后撤回投标等行为，作弊，串标，扰乱招投标工作而给代理机构造成了实质性的影响，或投标人违法放弃中标资格，代理机构又不得不重新招标，那么投标人的行为给代理机构造成了人力物力财力的影响，被没收的投标保证金就应当归属代理机构所有，用于弥补代理机构的损失。
一、没收的保证金归属招标人所有
这种主要是中标人放弃中标资格或中标后不按约定签订合同的，但是代理机构又认为可以顺延第二名投标人中标后，由此此行为给招标人带来了实质性的影响(比如招标人对采购需求有时效性要求，没有按时履约则确实会给招标人带来实质性的影响)，这种情况下，没收的投标保证金就应当归属招标人所有，用来弥补招标人因投标人违法行为而受到的实质性的损失。
二、发生下列情形之一的，采购代理机构可以不予退还投标保证金：
(1)在招标文件规定的投标截止时间后撤回投标的;
(2)在采购人确定中标人以前放弃中标候选资格的;
(3)中标后放弃中标、不领取或者不接收中标通知书的;
(4)由于中标人的原因未能按照招标文件的规定与采购人签订合同的;
(5)由于中标人的原因未能按照招标文件的规定交纳履约保证金的;
(6)投标人提供虚假资料的;
(7)投标有效期内，投标人在政府采购活动中有违法、违规、违纪行为;
(8)投标有效期内，投标人撤销投标文件的。
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