杜尔伯特蒙古族自治县卫生局内设的职能机构主要包括：
人秘股：主要负责财务管理和统计工作，确保卫生局的日常运营与资金管理有序进行。
基妇股：专注于预防保健，致力于提升全县妇女和儿童的健康水平，以及推广公共卫生知识。
医政股：负责医疗机构的管理和卫生行政执法工作，确保医疗服务质量与行业规范的执行。
爱卫办：具体负责全县爱国卫生运动委员会的各项工作，推动环境卫生和健康教育的普及。
在直属管理单位方面，包括：
县人民医院：提供高级医疗服务，是卫生局的重要组成部分。
县中医院：为居民提供中医治疗服务，融合传统与现代医学。
县蒙古族医院：专注于为蒙古族居民提供医疗服务，尊重和传承民族文化。
县妇幼保健院：专门关注妇女和儿童的健康，提供全方位的保健服务。
县卫生局卫生监督所：负责卫生监督和执法，确保公共卫生安全。
县疾病预防控制中心：致力于疾病预防和控制，维护公共卫生健康。
新型农村合作医疗办公室：推进农村地区的医疗保障体系，提高医疗保障水平。
老干部医疗保健所：为退休干部提供专业医疗保健服务，体现关怀与尊重。
卫生职工学校：培养和提升卫生系统员工的专业技能和知识。
乡镇卫生院：分布于各个乡镇，提供基础医疗和公共卫生服务，如：
腰新乡卫生院
江湾乡卫生院
一心乡卫生院
泰康镇卫生院
他拉哈镇卫生院
烟筒屯镇卫生院
克尔台乡卫生院
巴彦查干乡卫生院
敖林西伯乡卫生院
白音诺勒乡卫生院
胡吉吐莫镇卫生院