净慈寺近城临湖，踞南山之胜。宋时为其鼎盛时期，人文荟萃，儒释交融，与灵隐寺相埒。南宋时被评为江南禅院“五山”之一。
宋
北宋时，净慈寺名僧接踵，大德辈出，有的成为佛教禅宗一代宗师。宋初有“两寿”，即延寿和洪寿，均师法于德韶，兴教于南屏，其佛学教观盛行于当时。继“两寿”之后，又有圆照宗本和大通善本相继住持净慈寺，世称之为“大小本”。他们都曾遍访名山，弘扬禅宗佛法，而且都先后成为北宋京都开封的高僧。宋神宗曾赞圆照宗本为“真福慧僧”、“僧中宝”，要他“方兴禅宗，宜善开导”。大通善本为汉董仲舒后裔，也被尊为“大通师”。 正是由于这些高僧住持，才使“名蓝有光”；受到宋王朝的重视。北宋统一中国后，宋太宗于太平兴国二年（977年）赐慧日永明院为“寿宁禅院”，并重加修葺。翌年（978年），吴越王钱弘俶听从延寿禅师遗嘱，“上表入宋，尽献十三州之地”。后人评钱弘俶之举时称：“重民轻土，舍别归总，用师之劝谕也“（《大明统志》）。由此，朝廷对净慈寺格外青眼相待。天禧二年（1018年），宋真宗曾特赐寿宁禅院铜毗卢迦佛像等。从此，诸多达官名流纷纷与佛门弟子结为方外之交。延寿禅师所著《心赋》由吴越王钱弘俶之子钱惟善撰序。延寿弟子法涌在校《宗镜录》时，就由尚书郎中杨杰为序。历代杭郡州官大多与寿宁院僧人往来莫逆，互相唱和，参佛论经，甚至蹉商政事。如雷峰慧才法师逝世后，时为杭州知府的赵抃（即赵阅道）在寿宁禅院见其壁间画像，不禁黯然神伤，他题诗云：
白鹤丛林古梵宫，壁间留像见真风。
忆师去岁雷峰别，只似南柯一梦中。
圆照宗本原在苏州住持瑞光寺，经杭州二任郡守陈襄、苏轼相邀，最后经上疏奏准才来杭住持寿宁院。苏轼治杭时，对佛门好友至为关切，曾抱病探访圆照宗本，并和大通善本长老，楚明宝印（后为该寺十三代住持）、法涌（延寿弟子）、臻谦（即梵臻法师）等“参请最契”，还常在一起商谈竣湖救荒善策。他曾请法涌进京“继扬宗法”。熙宁五年（1072年），臻谦由朝廷诏命居寿宁院，苏轼“以师敬事之”，相交甚厚；苏轼元祐时第二次来杭任知州，闻臻谦已逝，不胜伤感。在《东坡志林》中，苏轼对这些僧人都各有评价，对圆照特别推崇，称其为“志行若卓，教法通洽，昼夜行道二十余年，自辨才归寂，道俗皆宗之”。所说之辨才，即上天竺寺住持元净，也是寿宁院第十八代住持。他和赵抃、苏轼以及诗僧道潜（即参寥子）等均曾反对王安石变法，受过牵连和迫害。
北宋熙宁年间（1068－1077年），圆照宗本住持该寺，时属岁旱，湖水尽涸，寺西有甘泉，据传泉内有“金色鲤鱼游焉”，于是凿泉为井，寺众千余，饮之不竭，故名“圆照井“。同时寿宁禅院经多次营建修缮，规模不断扩大，还在寺前经募化集万人开凿水池，名“万工池”，以备汲水灭火之用。明时因盛行净土，提倡行善放生，该池改为“放生池”当时的寿宁院号称“南山之冠”。宋人陈尧佐赞寿宁院云：
附郭山光峭若悬，倚空楼阁白云颠。
孤轩半出青松杪，灏气疑游碧汉边。
元丰元年（1078年），净慈寺雷峰慧才法师在灵芝、元照等寺授菩萨戒，据称曾见观音像放光，朝廷命僧人法真、守一为此撰《证戒尘记》，由米芾书记，辨才（元净）立石于寺中。此时，辨才于苏轼离杭后已迁往南屏净慈寺。
宋徽宗赵佶即位之初，也曾笼络各地高僧，曾诏告天下，凡“为众师法”的有名德僧可奏请赐谥师号和封赠。但至北宋末年，道士林灵素以方术得宋徽宗宠信，奉行排佛崇道，寿宁禅院为宋徽宗占为香火院。北宋末，方腊起义中烧庙，湖寺尽毁，唯寿宁院独存。
宋室南渡，建都临安（杭州）。建炎二年（1128年），宋高宗赵构下旨敕改寿宁院为“净慈禅寺”。不久寺毁，宋高宗又亲临察看，然后下诏命湖州佛智寺道容来杭，由其聚集工匠，主持重建殿宇，五年而成。其功业卓著者为依据《涅盘经》塑五百罗汉，置田字殿。
道容在净慈寺先塑十六应真像，再塑五百罗汉，据说塑像都出一僧之手，而仪貌各异，神气如生，像塑成而僧化去；所建田字殿，将五百罗汉分四层背座，尊尊异形，位置曲折，屈指多迷，为一大奇观。道容建田字殿为江南佛寺之首创，田字形平面既能供奉众罗汉像，且都面向信众，采光较好，便于参拜礼佛，这是佛教中的特殊建筑。节度使曹勋为此撰记称该寺重建后，“金碧辉煌，华梵绚丽，行都道场之盛，特冠诸山”。绍兴九年（1139年），宋高宗大赦天下，为表示奉祀宋徽宗，特将净慈禅寺改名为“报恩光孝禅寺”，并将惠照寺并入。绍兴十九年（1149年）十月，又改称为“净慈报恩光孝禅寺”（简称净慈寺），诏命道容住持该寺，并赐予经藏。继道容住持净慈寺的肯堂彦充曾师事庐山东林寺僧颜，学净土法门。杭州名僧痴绝道冲、无准师范等均师从肯堂学法，得以传承。
南宋时净慈寺几经毁建。淳熙十四年（1187年），朝廷起用退谷义云禅师，命其在净慈寺说法并主持寺务，杭城士民都很崇敬，爱国诗人陆游赞他为“才能绝人”。一日，退谷义云率众僧入城，当晚火起，净慈寺尽毁，据陆游《净慈退谷义云禅师塔铭》所记：
是夕寺焚无遗宇，比师归，独山门岿然瓦砾中，师不动容曰，成坏相寻，亦岂有常今日之坏，安知不为四众作福之地哉。
所谓“成坏相寻”，为佛教法眼宗“六相”教义，意指“成”和“坏”是常常互相转换变化的，类老子所说“福兮祸所倚，祸兮福所伏”。宋孝宗闻悉后，立即出内帑库金重建净慈寺。重建后的净慈寺“广殿邃庑，崇闳杰阁”，比前更加宏伟，宋孝宗亲临察看并手书“慧日阁”额。嘉泰四年（1204年），净慈寺又毁，住持德辉禅师随火焚化，由郡守奏请赐金重建。时道济（即民间传说中的济公）依德辉为师，并为该寺书访，由他参与募化，再建寺院。，嘉定三年（1210），少林妙崧奉旨住持该寺十二年，他效永明大师，常上山坐禅修持，并曾重新整修，于嘉定十三年（1220年）重建，翰林程珌记文称该寺：
湿红映地，飞翠侵霄，檐转鸾翎，阶排雁齿。星垂珠网，宝殿洞乎琉璃；日耀璇题，金椽耸乎玳瑁。
这次重建后的净慈寺，“寺故宏大，显于湖山”，可谓壮观之极。为此，妙崧于嘉定十四年（1221年）奉召入内廷说法，宋宁宗赐予紫衣并封号“佛行禅师”，下旨为妙崧建“泰宁庄”。
南宋嘉定年间，曹洞宗第十三代祖如净曾两度来杭住净慈寺。如净原在雪窦寺出家，从智鉴学法，为杭州高僧歇清了再传弟子，他浪迹江湖二十余年，于南宋嘉定三年（1210年）受法，住持建康清凉寺，后迁台州瑞岩净土寺、杭州净慈寺，又转定海瑞岩寺，再住净慈寺，于宝庆元年（1225年）住天童寺。如净参学临济，得法于曹洞，成为一代宗匠。日本僧人永平道元最后得如净授法，回国后创曹洞宗，奉如净为日本曹洞宗祖师。如净圆寂后归葬南屏，至今净慈寺仍保留有如净墓塔，被日僧奉为祖塔。
嘉定年间，朝廷品第江南诸寺，净慈寺以“闳胜甲于湖山”列为禅宗五山之一。并以“南屏晚钟”称胜湖上。当时该寺中心五层主殿，两旁“配有偏殿，各类阁、堂、轩、楼等三十三座，寺僧达数千人。
宋理宗当政，对佛教十分信奉。嘉熙四年（1244年），荆湖总臣竟奏请朝廷下旨，着令僧道都要买紫衣和师号，有师号才能住持佛寺。时笑翁妙堪住持净慈寺，他上书反对说：如果这样，那么有千金的人都可“主法”，则“吾道殆矣”，平息了这场争论。淳祐九年（1249年），名僧无准师范住持净慈寺时，宋理宗曾于修政殿召对。无准师范奏对既详情，又明了，使宋理宗深为感动，赐予金襕衣；第二天又宣他在慈明殿垂帘问政，无准师范直言奏称：“法要示陈，参政贵谊，奏云简明直截。才有补圣治”。宋理宗十分赞赏，赐以金帛，并封号为“佛鉴大师”。翌年（1250年），宋理宗命净慈寺建千佛阁，并亲书“华严法界正遍知阁”八字。当时寺内庑壁由名师钟鼎、丁清溪绘有五十三参像，规模与灵隐寺相仿，“北有灵隐，南有净慈”由此而出。南宋后期，日僧纷纷入宋求法。日僧无关普门（日本“圣一国师”圆尔辩圆弟子）、寒山义尹、南浦诏明等先后来杭在净慈寺从断桥、义远、虚堂等禅师学法。这些日僧在杭长期修学，均得要旨，学有成就，回国后均成为日本禅宗巨匠。
直至景定五年（1264年），宋理宗末年，他还赐田净慈寺，并命建毗卢阁。
元
元初，“江南释教总统”，杨琏真伽原奉蒙藏密宗（喇嘛教），对佛教禅宗不予过问。至元二十七年（1290年），净慈寺火焚后，都由各代住持募化重建。经古田德垕、愚及至慧、方山文宝等禅师悉心筹划，先后修建了蒙堂、两库司、观音殿、大殿、罗汉殿、法堂、最后重建山门，才恢复了旧观。 对于异族统治，净慈寺一批名僧，大多采取消极抵制。元初，晦机元熙，为净慈寺书记，其兄唐元龄原系南宋临江通判，随文天祥起兵抗元而战死。当时，杨链真伽曾邀晦机元熙同去阿育王寺取舍利，他就托辞探母避往江西。元代王室对净慈寺第六十代住持千濑善庆（人称“濑翁”）大加封赏，除授以金襕衣外，并封号“慧光普照文明通辨禅师”。而千濑毫不动容，置之度外。住持本源善达还和住寺名僧及庵法师等相约“誓不历职”，在当时佛门弟子中形成了很大影响。
由于净慈寺是南宋评定的禅宗五山之一，故从元代中期开始，朝廷对该寺一些高僧采取怀柔政策，藉以安抚僧徒。几经邀请，晦机元熙于至大元年（1308年）重来杭州并请其住持净慈寺，入寺之日，中书省、宣政院大批官员曾俯伏迎请，竭尽尊礼；在晦机上堂说法时，参加的僧众数以千计，其中还有高丽、日本等国的佛徒。此后，朝廷对净慈寺历代高僧都常加封赏，如大辨希陵，因他是宋末净慈寺住持东叟促颖和石林行巩门下的内记和外记（都是书记），他在径山寺说法时，云峰法师就曾称他有“诸老遗风”，于是元世祖、元成宗、元仁宗三代皇帝都有封赏，前后封号就有佛鉴、大圜、慧照。原叟行端亦因他是宋末石林行巩门下弟子，除元成宗赐号“慧文”外，元仁宗又赐号“普照师”。高峰原妙、中峰明本等都是当时住净慈寺的名僧，他们先后上西天目山，元仁宗、元英宗、元文宗三代帝王对中峰也都有封赠，并赐号“智觉”，中峰均回避拒受。圆寂后又追谥“普应国师”。其他如悦堂、会堂、孤峰等名僧也都受过朝廷封赏，分别封号为慧通、普济、圆明定慧。而石屋清珙以“清苦自守”闻名，断绝外缘，但元至正年间，朝廷也“降香币以旌”，皇后亲赐金衲衣。其实，朝廷封赏所费财力甚微，对佛门弟子却起到了一定安抚作用。此时杭城佛教重心已转移西天目山。当时人称“净慈三峰”的高峰原妙、中峰明本、孤峰明德都是名闻南宋京师的高僧，都先后离开净慈寺，对朝廷远而避之，千岩元长等都追随高峰、中峰转入浙西山区修持弘法，孤峰则离杭游历名山，不再返回。为显示朝廷崇佛，一批大臣仿效前朝遗风都纷纷与佛门结方外交，并采取护教措施。如浙江行省的达识贴木尔丞相和康里公丞相都与净慈寺的平山处林、愚庵智及、清远怀渭等禅师常有来往，互通信函。愚庵智及就由达识贴木尔推举为净慈寺住持；平山处林于元后期至元五年（1339年）由枢密使高纳麟推荐并由元惠宗下诏命其住持净慈寺。平山在朝廷支持下重建殿堂，修饰罗汉堂群像，“尊而祖堂、幽而三塔，凡所宜有，焕然一新”，而他不论冬夏，布衲一领，受人尊敬，一时“学徒云集，动以万指”。而平山处林将归寂前还不忘“肩舆入城别丞相”。千濑上堂说法，元仁宗就亲下玺书表彰护教。悦堂颜明在南屏设四大道场，树大法幢弘法，“名闻京国”，“藩王大臣无不函香问道，黑白骏奔，如众归市”，而元帝也遣使者“再下玺书护其教”，可谓盛况空前。
元代统治近百年，净慈寺研习佛学之风逐渐衰微。徐玉冈蒙润著有《四教仪集》为台宗学徒入门之书，千濑善庆遗有《扶宗显正论》外，即使被当时名流称颂学行甚高，“奇采烂然”，曾受元文宗封为三品官阶的笑隐大欣和为元代学者宋濂等尊崇的悦堂颜明等名僧都没有遗世之作。元代后期，佛门风行参禅语录，大多名僧都以问法参佛时论述的言论编辑成语录，如平山有《四会法语录》大辨、石屋、高峰等都有以自己法号命名的《语录》，成为有别于历朝的一代佛门文风。
另一方面，净慈寺在元代后期的寺规礼仪也有所废驰。据挂单僧恕中无愠所见：元泰定初（1324年），净慈寺寺规严肃，上堂僧人五百多人，不准围炉闲谈，不准检阅外书（指佛教经典以外书籍），不准外人随便出入；恕中在阅读《庄子》时曾受到严厉斥责。但二十年后（约于元至元年间）他再度到净慈寺时，但见“人员丛杂”、“寮舍围炉”、“抚琴奕棋”，却很少有寺僧研习功课。反映了元代汉地佛教的衰落现象。
明
明初，明太祖朱元璋竭力倡导佛教，整顿佛门，净慈寺等名刹高僧也都开始致力于重振佛门，净慈寺等名刹高僧也都开始致力于重振佛门宗风，杭州佛教再次兴盛。
洪武四年（1371年），明太祖于开国伊始，在金陵（明代京城、今南京）钟山天界寺举行“无遮大会”，招揽佛门弟子，两浙名僧都参加了这次大会，净慈寺愚庵智及名列榜首，但他自称老病，未能参加大会和奏对。于“无遮大会”第二年（1372年），明太祖又于金陵蒋山寺举行“广荐法会”，命各地举荐高僧集会点校藏经，净慈寺由清远怀渭、逆川智顺两代住持参加，逆川还升座说法，明太祖亲临加以慰问。在此同时，明太祖曾下旨召中天竺名僧季潭宗泐赴京封为左善世师，但宗泐对明王朝限佛等措施颇具戒心，于是急流勇退，辞官返杭住持净慈寺，由此开罪朝廷。当时，由于元末兵乱，净慈寺寺宇破败，宗泐只能倾其筐箧筹资修葺，而朝廷不予置理。宗泐与工匠商议动工时，忽然寺监又涉讼累及宗泐，被迫将修寺集资代偿，从此无力修缮。最后，宗泐也和愚庵智及一样，被朝廷迁往外地终老。
洪武七年（1374年）朝廷决定举荐“耆硕名僧”住持江南名刹，先后命中竺无旨可授（号休庵）和德隐普仁住持净慈寺，他们都以净土法门为佛事，弘扬延寿、圆照“净土之业”。德隐在奉旨继净慈寺法席入院时讲法，日夜环听者达万人，都表叹服。洪武十一年（1378年）由同庵易简主净慈寺，他募化集资，聚铜二万余斤，葺殿治钟，栽竹植松，不数年寺宇为之一新。史称“两山阒寂之秋，独南屏成此宏伟”。为此，明太祖封其为僧录司左善世师，奉旨清理全国寺僧，征集高僧住金陵善世院。洪武二十五年（1392年）十二月寺毁，由祖芳道联募化重建，使殿宇堂室金碧交辉，深受赞赏。
明成祖永乐初期，朝廷篡修《永乐大典》，净慈寺祖芳道联和希古师颐都奉诏参加了修典。永乐四年（1406年）征召祖芳为“释教总裁”，他博通经典，纂集有方。明成祖重其声望，命他到各地名刹征集古代文物彝器归朝，得朝廷封赏；藏典校定后，又赐佛像等物。翌年，礼部奏请命祖芳赴五台山大祐国寺，祖芳宣称“吾世缘殆尽”，三日后趺坐而化，朝廷对此甚为惊奇，命工部备龛由僧录司奉灵骨归葬南屏，礼仪隆盛，礼部尚书胡濙盛赞祖芳，称其：
笃意禅学，废寝忘食，用志精专，由是智藏豁开，词源涌出，随机问答，辩若悬河，同袍无出其右者。
在修典中，希古师颐也曾居第一座，至永乐十六年（1418年）住持净慈寺；他开堂阐法时，佛徒甚多，时称“灵山再会”，很得人心。明永乐年间，因杭州高僧道衍（即姚广孝）助燕王靖难复国有功，明成祖即位后封其为上柱国，太子少师荣国公，道衍虽居高位，仍不忘禅事，上朝冠带，下朝僧服，佛学著述甚多，并常来杭州各寺参佛，特别与净慈寺止庵德祥，祖芳道联等均为同参佛友，对杭州市佛教发展也很有影响。
永乐年间，净慈寺曾有一件历史疑案，始终没有定论。明惠帝朱允炆因年号“建文”，故也称“建文帝”，当燕王朱棣率靖难军进军金陵时，建文帝就不知下落，或说已死，或说出逃。至永乐四年（1406年），朝廷闻知净慈寺有僧在篡修文典，即征其为“释教总裁”，迁住五台，而此僧却悄然隐遁不知去向，后人传说此僧即隐匿于净慈寺的建文帝，并有其画像为证。此说虽不足信，但杭州名僧溥洽（时已征召为右僧录司）却因此涉嫌助建文帝国出逃，先后系狱十五年。
明正统年间，朝廷认为自设善世院后，在该院阐佛弘法的大多出自净慈寺高僧，于是明英宗于正统十年（1445年）二月十五日下旨，将《大藏金经》（共四龛）赐藏净慈寺，并颁有《护藏敕》称：
恭成皇曾祖考之志刊印大藏经典，颁行天下，用广流传。慈以一藏安置浙江杭州府净慈禅寺，永充供养，听所在僧官僧徒看诵赞扬，上为国家祝馨，下与生民祈福，务须敬奉守护，不许纵容闲杂之人私借观玩，轻慢亵渎，致有损坏遗失。敢有违者，必究治之。
自此佛门修学之风又盛。景泰二年（1451年）寺僧南宗广衍特在雷峰塔旁临湖建藕花居，作为归老退居别业，林亭幽雅，夏荷飘香，他长期在此研修佛学大典。成化十年（1474年），住持古渊智源，“倡新寺宇，开堂说法，四方僧衲，奔集参请”，常有数百人来此听法，并修葺殿堂，弘扬净慈宗风。时人赞称：“自五代（道）潜、（延）寿两师而下，至师（智源）百代相继，法席益盛。住持得人，是不特有功山门，实有功《宗镜录》者”。
明代后期，海盗倭寇屡屡侵扰，饥荒连年，致使寺庙不宁。嘉靖三十二年至三十四年（1553－1555年），岛夷连结倭寇自海盐登陆侵犯杭城，时浙江按察御史胡宗宪统率军民出城拒敌，在湖墅一带战死数千人，又调集广西、山东、湖广和浙江括苍山区精兵万余人，屯兵于临湖大刹，净慈寺驻兵三千人，此时寺庙成为兵营，僧徒窜伏林莽。倭寇围城时，巡抚李天宠下令废寺庙大钟溶为兵器，又恐寺庙屯驻倭寇，准备烧毁沿湖佛寺。当时净慈寺住持了然道富头顶“敕建净慈禅寺”匾额，泣跪于辕门，几经哀求才幸免烧毁，而昭庆等寺已成灰烬。如此戎马纷纭，征鼓喧杂几十年，才得平息，而南屏乔松修竹全被砍伐，寺宇破败不堪。遂后又遇连年饥荒，特别是万历十六年（1588年）时，杭城大荒，米价昂贵，杭城市民在上竺挖“观音土”和树皮充饥，“树无完肤”，饿殍难以数计，当时内监孙隆出资命净慈寺施粥赈济灾民，日施粥米十石，经六月至八月的赈灾，杭城有半数市民得以生存。
万历十七年（1589年），司礼监孙隆奉明神宗之命将皇太后亲手绘制，皇帝御题赞辞的“瑞莲观音大士像”赐净慈寺。万历二十八年（1600年），孙隆又以净慈寺位居禅院五山，奏准将《大藏经》安放该寺。
清
清初康、乾之治，对杭州寺庙倍加重视，两代帝王南巡，必到寺院遍访。康熙二十八年（1689年），玄烨曾亲临净慈寺；三十三年（1694年）以御书《金刚经》一卷赐净慈寺；三十八年（1699年）三月，玄烨再次到净慈寺，改“净慈报恩禅寺”为“净慈禅寺”，由康熙手书“净慈寺”寺额和“西峰”两字，并书对联云：
云开树色千花满，竹里泉声百道飞。
康熙还题《南屏晓钟》、《由净慈寺经南屏诸山》等诗。雍正、乾隆间，朝廷对净慈寺屡有封赏，曾赐赠智觉（延寿）禅师法像、画轴、菩萨碑图等。
雍正十一年（1733年）四月六日，清世宗胤祯下谕：
佛教自达摩西来，阐扬宗旨，济拔群迷，利益众生，福田慧果，曹溪以下，代不乏人，朕留心内典，深明此事。历古来名僧言句，宋初永明延寿智觉禅师实为出类拔萃，其所著惟《心诀》、《心赋》、《宗镜录》、《万善同归集》等书，实皆宗教合一之论，与后学参证禅徒大有裨益。朕亲加选录，刊刻颁示天下丛林，禅师可谓曹溪以后善知识中杰出之人，着加封妙圆正修智觉禅师。因念师生宋时，居杭之慧日，开堂说法，其寺为今之净慈，今寺内僧徒未知仍旧供养禅师法相与否，现在承其支派者何人，着地方官并行详查；如香火已废，着为庄严法相，令僧徒朝夕瞻礼，香灯供养；其支派如已无人，着具摺奏闻，朕酌量择人承嗣。其塔院现在何处，亦着查明修理。夫三教一贯之理，朕已别降谕旨，深切开示，谅僧俗人等必已灼然无疑。朕今此举，与褒录先贤之典，非有二义。尔督抚率该地方官敬谨遵行。特谕，钦此。
由于雍正朝对永明大师的褒扬，至今香山碧云寺五百罗汉殿正中仍供奉永明延寿铜像。
乾隆十六年（1751年），弘历南巡时曾为净慈寺手书“正法眼藏”、“敕建净慈禅寺”等殿额和门额，此后曾五临该寺吟诗题吟，仍将“南屏晓钟”改为“南屏晚钟”，并拨库银重修寺宇，时人熊学鹏撰《净慈禅寺重修碑记》称，重修后的净慈寺“重轩广墀，崇宏坚固，旁及偏厢，夹道楼阁堂亭，金碧丹绿，无不聿新”。
明清时，杭州曾以净慈寺为主，形成南山香火。每年正月六日为“定光（即燃灯佛）诞辰”，杭城男女倾城出游，成为旧时风俗，俗称“赛爆竹”，游人取道净慈寺至法相寺进香，“沿途张筵，笙歌杂奏”，多以爆竹相互斗放。每遇除夕，则官府设筵寺中燃放焰火，全城男女来观者摩肩接踵，不下数万人，昭庆、灵隐、三竺都如此，而净慈寺尤甚。常有无赖子在人丛中放肆喧扰，甚至挤死香客，祸及寺僧。若省城官员来寺则需索酒食，寺中主持要撞钟率众迎来送往，俯伏道旁，稍有疏忽，常受凌辱，寺僧无法安于禅法。后人称之为“末法陵迟，教微僧弱”。意为此时佛法已经衰颓，佛教已陷入微弱的境地。
自清初后，随着国事衰落，净慈寺一直由寺僧募化自理，禅风不振，长期来并无起色。
新中国成立，净慈寺在 1955 年进行大修，寺庙更显庄严瑰丽。文革中寺庙遭到破坏。 1985 随着宗教改革的落实，净慈寺逐步得到恢复。
改名
康熙三十八年（1699年）改名为“净慈禅寺”，由玄烨亲书寺额。乾隆十六年（1751年）弘历南巡时，又亲书“敕建净慈禅寺”寺额，为僧众仰慕的东南古刹。千百年来，沧海桑田，寺塔相继刻废圮，净慈寺亦屡毁屡建，成为南山孤寺。上世纪八十年代得海内外佛徒信众襄助，重修寺宇，再悬洪钟，净慈寺焕然一新，又开始为湖山增辉添色。
