1 用水结构不合理
西北地区用水结构明显不合理，农业用水比重过大。其中，宁夏、内蒙古西部、新疆农业用水超过90%，而其工业用水均仅在7%以下。从世界平均用水结构看，农业用水占65%，工业和城市用水分别为22%和7%，西北地区农业用水比例偏高，不仅说明水资源利用方式落后、利用效率差，同时，也体现了通过用水结构调整实现节约水量的潜力很大。
从供水水源角度看，西北地区主要利用地表水，在总供水构成中，地表水占50%以上，其中，新疆、宁夏高达90%以上，地下水利用率相对较低，除陕西、内蒙古西部开采40%左右，其余地区不足22%。在世界干旱区，地下水是主要的甚至是惟一的供水水源，世界干旱区对地下水的利用率达60%～70%以上，而西北地区目前开采量占平均可开采量的28%。西北地区除局部地区和城市区地下水超采，大部分地区地下水利用偏低。
2 水资源消耗量大，破坏了水循环系统
在水资源评价中，常常把水资源开发利用过程中的消耗损失水量作为水资源平衡的组成部分。消耗水是指在水资源开发利用过程中，由于蒸发、蒸腾或产品带走不返回地面的损失水。消耗水过量会导致河道流量减少或干涸，破坏生态系统，出现干旱化生态问题。西北总用水量836.8×108m3，消耗总量581×108m3，耗水率69.43%，有的文献指出，用水消耗作为衡量水短缺的一个粗略指标，即在可获得的水量中有多大部分被消耗掉，当这部分消耗水达到20%时将会对水生态系统产生不良影响，但西北地区已远远超过了这条界限。
3 经济发展挤占生态用水
西北地区生态环境十分脆弱，水资源严重不足。由于人们对生态环境关注不够，经济发展挤占生态用水，因此，生态环境不断恶化。西北地区生态环境恶化主要表现在以下几方面：①水污染加剧。西北各省区每年向黄河干流排放废污水7.51亿m3，其中，工业废水4.30亿m3，占总量的57.3%。②土地沙漠化、盐碱化、盐渍化和草场退化现象十分严重并有加重的趋势。③湖泊萎缩甚至消失，河道断流。
4 灌区土壤盐渍化严重
以省区为单位，盐渍化面积一般占有效灌溉面积的15%～30%。特别在较大内陆河流的下游灌区，盐渍化面积普遍在有效灌溉面积的50%左右。其原因，主要是灌溉引水中有大量上游地区的灌溉退水，含盐量很高，或由于缺电及负担不起电费而不能进行竖井灌排治理盐渍化。
5 荒漠化扩大
随着天然水循环关系改变，干旱区人工绿洲的稳定扩大，流域水循环关系改变，各支流与干流间的联系明显减弱，而干流上中下游之间的联系明显增强。水资源主要消耗在中游段，致使下游的天然绿洲萎缩，土地沙漠化进展加快。水资源短缺、灌溉方式不当和过樵过牧引起土壤沙化、草场退化和灌区盐渍化，已成为西北各内陆河下游地带生态退化的集中表现。目前，全国荒漠化土地以每年2 460
km2的速度在增长，而西北地区沙漠化面积占全国沙漠化总面积的2/3。次生盐渍化面积已达2万km2，占全国盐渍化土地面积的1/3以上。
6 水资源管理滞后
①对水资源的开发利用缺乏宏观控制，往往强调水资源要满足工农业发展的需求，而不注意经济发展、产业布局要充分考虑水资源条件；②比较重视水资源的开发利用，而对水资源的节约、配置与保护重视不够；③流域水资源管理与区域水资源管理关系没有理顺，流域管理相对薄弱，上下游、左右岸、不同地区部门之间用水矛盾突出；④水资源的有偿使用和经济杠杆对资源的合理配置作用没有充分发挥，水资源费、水费长期收不到位。