可以做预付账款处理：
借：预付账款-某单位(预付工程款)。
贷：银行存款或库存现金。
发票回来后：
借：在建工程或相关科目。
贷：预付账款-某单位(预付工程款)。
如果是对应的工程项目承包给对方，收到工程款发票，那么可以借记：主营业务成本，贷记：应付账款。
如果是在建工程形成固定资产的，那么可以借记在建工程或固定资产，货记应付账款。
扩展资料
应付工程款核算建设单位按照基本建设工程价款结算办法和工程合同的有关规定，与工程承包单位办理工程价款结算，应付给承包单位的工程款。
本科目应按承包单位户名进行明细核算。
按规定结算工程款时，记本科目贷方；支付工程款或用预付工程款、预付备料款抵充应付工程款，记本科目借方；期末余额反映应付给施工单位的工程账款；本科目应按施工企业名称设置明细账。
从应付的工程款中扣回预付的备料款和工程款，借记本科目，贷记“预付备料款”、“预付工程款”科目。支付工程款，借记本科目，贷记“基建投资借款”、“银行存款”、“零余额账户用款额度”科目。
对于随同工程款一并承付的临时设施包干费，借记“待摊投资”科目，贷记本科目。
建设单位不按合同规定而拖延结算期的罚款支出，按规定由自有资金支付，不在本科目结算。
参考资料来源：