引起水华与赤潮的主要原因是水体富营养化，水中的藻类植物大量繁殖
赤潮的形成是因为人类大量污水的排放使得海水中氮、磷等营养物质的含量突然增加，造成海水富营养化，浮游藻类就会在短时间内迅速繁殖，由于这些藻类多呈红褐色，所以称为“赤潮，在淡水中称为水华。
海洋赤潮的发生不但对海洋生态系统有强烈的破坏作用，对海洋沿岸的水产养殖以及食用海产品的人都有直接的危害。
水华和赤潮分别是淡水和海水长期被污染，水体富营养化而造成的，为现在面临的全球性生态环境问题之一．
水华是淡水中的一种自然生态现象，只是仅由藻类引起的。
如蓝藻（严格意义上应称为蓝细菌）、绿藻、硅藻等，也就是水的富营养化．“水华”发生时，水一股呈蓝色或绿色，这种在自然界就有的“水华”现象。
赤潮又称红潮或有害藻水华，通常是指海洋微藻、细菌和原生动物在海水中过度增殖或聚集致使海水变色的一种现象。赤潮不一定都是红色的。
发生赤潮时，海水除了会变成红色，还能变成桔红色、黄色、绿色、褐色．赤潮是一种自然生态现象，有些赤潮藻能产生毒素，毒素在贝类和鱼体内累积，人食用时中毒，严重的能导致死亡。
还有些赤潮藻对人类不构成威胁，但能产生毒素危害鱼类等海洋生物；另外一些赤潮藻虽然无毒，但能对鱼鳃造成堵塞或机械损伤，还可能由于死亡时大量耗氧而使鱼窒息．引发赤潮的生物有很多种，其中海洋浮游微藻是引发赤潮的主要生物。
光合蓝细菌生长在水中，只需要极少量的氧气，但是需要大量的二氧化碳。
当条件适当的时候，光合蓝细菌会迅速繁殖使细菌的数量大幅度的增加，以至于在水面上形成一张绿毯。这种现象被称为藻花。
由于水质污染使静水域富营养化，是引起水花的原因之一，所以对排出的废水必须进行严格处理。
不要过分使用农药，农药一般都是些氮肥，磷肥，提倡使用无磷洗衣粉也是出于这个考虑。同时，对于采用湖水和水库水作为水源设施，应注意防止过滤池的堵塞，以免引起水质发臭。