广州地铁14号线的行车组织采用了一种独特的模式，即快车与站站停列车的组合运营。快车运行速度快，而站站停列车则在每个站都停靠，以满足不同乘客的需求。
初期运营线路覆盖广州火车站、岗贝、嘉禾望岗、新和、江埔、街口和良口等主要站点，主支线的运营策略是初、近期时，支线与主线一同贯通运营，以提高整体服务效率。随着线路的延伸和规划的推进，远期计划将实现支线独立运营，提供更多的出行选择。
关于运营时间，14号线的运营时间为每日早上6:00至晚上24:00，持续18个小时。初期阶段，全天计划开行列车共170对，其中快车42对，主线站站停65对，支线站站停63对。随着线路的发展，近期将增加至216对列车，快车58对，主线80对站站停，支线78对。而远期的长远规划中，预计将有368对列车运行，包括59对快车，大交路站站停85对，小交路站站停101对，以及123对的支线服务。
14号线首期及支线（从化线及知识城线）：主线为嘉禾望岗至街口段及支线为新和至镇龙段（知识城线），主线长54.1公里，知识城线长21.8公里。主要功能为落实城市“北优”发展战略、支持从化及知识城地区发展。未来将开通广州火车站~嘉禾望岗段及街口至良口段。