学校教职工代表大会的日常运作主要由学校工会负责，具体体现在以下几个方面：
第二十五条明确规定，学校工会是教职工代表大会的核心工作机构，负责筹备和组织会议，包括选举代表、提出议题和方案，以及主席团人选的提名。
第二十六条详细阐述了工会的职责，包括在代表大会闭会期间，工会需传达和监督决议执行，组织代表团和专门委员会的活动，并召开联席会议。此外，工会还负责对代表进行培训，处理代表的建议和申诉，向学校党组织汇报民主管理工作，并与学校保持沟通。
对于选举产生执行委员会的学校，其执行委员会在教职工代表大会授权的范围内，也承担相似的工作职责。
为了确保工会能有效履行职责，第二十七条规定学校需要提供必要的工作条件和经费支持，以保证教职工代表大会工作的顺利进行。
《学校教职工代表大会规定》经2011年11月9日中华人民共和国教育部第34次部长办公会议审议通过，并经商中华全国总工会同意，2011年12月8日中华人民共和国教育部令第32号发布。该《规定》分总则、职权、教职工代表大会代表、组织规则、工作机构、附则6章6章30条，自2012年1月1日起施行。1985年1月28日教育部、原中国教育工会印发的《高等学校教职工代表大会暂行条例》予以废止。