三明市第二医院作为福建省教育厅、卫生厅首批确认的临床教学基地，与福建医科大学、福建中医药大学、江西赣南医学院等高等医学院校有着密切的合作关系，承担着这些院校学生的实习教学任务，为医学教育做出了重要贡献。
在医疗专业领域，医院展现出显著的特色。骨科、神经外科、显微外科、肿瘤科、妇产科、神经内科、呼吸内科、血液内科、心内科、肾内科、脉管炎科、中医科、口腔外科，以及高压氧医学、介入疗法和微创手术等科室都有深厚的技术积累和专业优势。医院不断引进和升级设备，包括全身CT机、全自动生化分析仪、彩色多普勒超声、人工肾机、体外震波碎石机等，这些万元以上的大规模医疗设备数量达到230多台（件），为患者提供了更精确、高效的诊疗服务。
为了进一步提升科研水平，医院设立了三明市心脏病研究所、三明市肾脏病研究所等科研机构，同时设有如中国蛇协血栓病防治中心、永安创伤急救中心等专科中心。永安中心血库和急救中毒站的建立，确保了紧急医疗服务的及时性和有效性。此外，还有三明市介入医学诊疗中心和永安同济肿瘤研究所，为疾病的预防、诊断和治疗提供了全方位的支持。