从2009年开始，计算所开始培养软件工程、计算机技术两个专业的全日制专业学位硕士研究生，授予工程硕士专业学位，简称“工程硕士”。根据教育部相关规定，专业学位硕士研究生的培养目标是掌握某一专业（或职业）领域坚实的基础理论和宽广的专业知识、具有较强的解决实际问题的能力，能够承担专业技术或管理工作、具有良好的职业素养的高层次应用型专门人才。与普通工学硕士比较，工程硕士更偏重于应用。
根据教育部2009年关于工程硕士的相关规定，结合计算所情况，做以下具体介绍：
招生方面：工程硕士和普通工学硕士在报名、考试、分数线、复试、录取等环节都是一样的，在复试过程中，面试小组会根据学生情况和学生意愿，确定工程硕士录取名单，主要选择更适合往工程类、应用类方向发展的同学录取为工程硕士。
待遇方面：工程硕士和普通工学硕士在待遇方面一样，全部为公费。在所期间的奖学金、助学金、住宿等待遇按计算所相关规定统一安排。
培养方面：工程硕士和普通工学硕士的基本培养框架一致，学制三年，研一和普通工学硕士一起统一在研究生院进行课程学习。研二进入实验室，在导师指导下从事科研工作。不同之处在于，我所工程硕士生一般进入到到工程性、应用开发性更强的课题组，导师也会更注重培养工程硕士生的实际动手能力，为其提供更多的工程项目实践机会。特别提醒的是，工程硕士生不能选择硕博连读方式攻读博士学位。
同学们在报考阶段，如果明确自己以后的发展方向是走应用型道路，可以在报名系统中选择工程硕士“计算机技术”或“软件工程”。这样在复试和录取的时候一般就录取为工程硕士。但因为是与普通工学硕士统一招生，因此不会因为原报的志愿而影响被录取的概率。
考生在复试过程中，原报考工学硕士类型的考生可以调剂成工程硕士类型，但是原报考工程硕士类型的考生不能调剂成工学硕士类型。
若2011年教育部关于工程硕士的政策有变化，则以国家最新政策为准。
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