转基因食品的利弊各有不同，优点是给人类带来便利，缺点为转基因违反自然规律。
转基因食品的优点为解决粮食短缺问题；减少农药使用，避免环境污染；节省生产成本；增加食物种类，提升食物品质。
转基因的缺点为转基因违反自然，因而有很多的不确定因素；植物引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后，它所提供的食物有许多的潜在威胁；可能影响农业和生态环境；转基因技术有可能造成生物污染。
转基因食品指的是利用转基因生物技术获得的转基因生物品系，并以该转基因生物为直接食品或为原料加工生产的食品称为转基因食品。国内目录内转基因食品都强制标识，消费者可以自由选择对其消费与否。
关于微生物类转基因食品的介绍：
微生物类转基因食品指的不是转基因微生物，而是用转基因微生物加工而成的食品，典型代表是奶酪。奶酪是一种常见的食品，在制作过程中需要用到发酵和凝乳两个过程。起到凝乳作用的凝乳酶来源于没有断奶的小牛的胃的皱襞中。
常规方法需要屠宰小牛后，从胃中提取凝乳酶来生产奶酪。现在利用转基因微生物已能够使凝乳酶在体外大量产生，避免了小牛的无辜死亡，也降低了生产成本。
美国超过2/3的奶酪在生产过程中使用了这种遗传工程的凝乳酶。除常见的奶酪外，由这类转基因微生物加工而成的面包、啤酒、酒精饮料均属于微生物类转基因食品。
以上内容参考 巴彦淖尔市农牧局-转基因食品的利与弊
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