没有影响。申请退税正常退税没有任何影响。办理退税或者抵税是正常行为，对企业以后申报没有影响，个人所得税APP开通综合所得年度汇算功能，纳税人完道全可以自行申报，申请退税也没啥风险，现在工资试行的是累计税制，公司财务会根据历史工资奖金等收入数据预先报税的，如果实际收入小于预先申报的收入，这表示预先交的税多交了，就可以申请办理退税，对个人和公司来说没什么影响。
办理退税，必须贯彻国家经济和税收政策。税务机关相应设置必要的职能管理机构，建立严格的退税审批制度，把住政策关口。纳税人申请退税，须按照国家有关退税管理制度的规定，向所在地税务机关呈送申请退税报告后，由税务机关办理退税登记。
总而言之，公司帮员工交的个税，严格来说是公司代扣代缴个人所得税，实际上就是用员工的钱交税，这部分税款是属于员工的，如果发生退税，税务机关应退给员工。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第十四条
扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。
纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税
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