prefer A to B与prefer doing A to B的区别是含义不完全相同、侧重点不同、用法不同。
1、含义不同：prefer to do和prefer doing都是宁愿做某事，暗含比较。“比起某事”是暗含在意思里的。而prefer doing to doing则有明显的比较的痕迹。
I prefer to read a newspaper=I prefer reading a newspaper.（比起某事,我宁愿读报纸）,但这里,“比起某事”是暗含在意思里的. 而prefer doing to doing 则有明显的比较的痕迹，如，I prefer reading a newspaper to watching TV.比起看电视,我宁愿读报纸。
2、侧重点不同：prefer to do强调特定的或某此具体的动作，即在一定的场合下宁愿做什么；prefer doing强调一般性倾向，即对某种行为的偏爱。
例句：
I prefer tea to coffee. （我喜欢茶叶胜于喜欢咖啡）
She prefers singing and dancing to drawing. （比起画画来，他更喜欢唱歌跳舞）
3、用法不同：prefer to do表示暂时性的喜欢；prefer doing表示长时间的，一贯性的喜欢。当我们说在两种活动之间更喜欢哪一种的时候，带-ing的词语可以用在句子前后两部分。当 prefer和动词不定式连用时，可以用 rather than来引导另一个短语，可以有两种结构：不带to的动词不定式或者带-ing的形式。
例句：
I prefer sailing to swimming.驾帆船和游泳这两样，我更欢驾帆船。
I prefer doingthings to reading books。我比较喜欢干活，不大喜欢看书。
I would prefer to spendthe weekend at home rather than drive/driving all the way to your mother's.我觉得与其开车跑那么远到你母亲那里去度周末，倒不如在家过更好些。
参考资料：百度百科-prefer