生物分离工程是生物化工专业的核心课程。生物分离工程技术是工业生物技术的核心技术。为了抢占中国工业生物技术未来发展的制高点，欧阳平凯高瞻远瞩，坚持专业教学和发展要有特色的教学改革理念，集中主要精力，狠抓了生物分离工程的教学改革，努力打造国内一流的精品课程。优秀的专业教材是搞好专业教学的基本前提。生物化工专业成立伊始，欧阳平凯组织任课教师和本科学生翻译国外最新生物分离方面的资料，充实授课内容。在欧阳平凯的主持下，1990年翻译出版了国外的最新生物分离工程著作，作为课程参考书；欧阳平凯亲自编撰了教材《生物分离原理及技术》，并不断再版，并将最新科研成果编入教材中。该书受到同行好评，被华东理工大学、北京化工大学、浙江大学等高等院校确定为专业教材和教学参考书。为了便于学生的融会贯通和学习提高，欧阳平凯还编写了《生物化工产品》、《生物科技词典》、《工业生物转化过程》、《工业生物转化过程》、《发酵工程关键技术及其应用》等专著作为参考教学，其中包含了许多经典的与现代的生物分离技术和案例。从1988年到现在，欧阳平凯一直工作在生物分离工程本科教学第一线。在教授基础知识、广泛介绍生物分离工程领域的最新发展动态的同时，特别重视介绍国内外高校、研究所特别是一些知名企业的生产与研究状况，结合自身以及本院科研工作的特点，补充大量的学生可以亲眼目睹、甚至亲自参与的科研实例，增加课堂的趣味性、知识性和新颖性，激发学生的探索热情。生物分离工程和装备是生物分离技术的核心内容。欧阳平凯的《生物分离工程与设备》获江苏省一类优秀课程（2000年），“探索《生物分离工程与装备》课程教学新模式”获江苏省教学成果一等奖（2001年）。欧阳平凯2003年依托国家生化工程技术研究中心开始建设以生物分离工程中试线为主的校内实践教学基地，2005年建成并投入使用。该教学基地极大丰富了生物分离工程的与学生互动式教学手段，极大地提高了生物分离教学效果。欧阳平凯由于教学工作突出，2001年获“江苏省劳动模范”称号，被国家教育部、国家人事部授予“全国模范教师”的荣誉称号。
