物流经济系2007年10月成立，为突出海运、港口、物流等特色，从原国际经济与贸易系中分离出来。国际经济与贸易系的前身是1956创建的武汉河运学院（1957年改为武汉水运工程学院，后改为武汉交通科技大学，现名为武汉理工大学）水运经济系，水运经济系设有水运经济组织与管理本科专业，年制5年。1960年、1961年、1962年连续三届招收外国留学生。1962年我校水运经济系的水运经济与组织本科专业首届招生。1963年8月交通部进行部属院校专业调整，确定上海海事大学以培养水运经济管理高级专门人才为重点和主要特色，集中力量办学，遂将武汉水运工程学院的水运经济系调到上海，合并组建新的水运经济系，随之武汉水运工程学院水运经济组织与管理本科专业并入上海海事大学水运经济与组织本科专业，专业名称为水运经济与组织。文革中该专业停办。
1978年，上海海事大学的水运经济管理本科专业恢复招生，属理工科运输类，学制4年。1979年，水运经济管理本科专业名称改为水运经济专业，属理工科运输类，学制4年。1986年，根据教育部统一整理调整的专业名称，水运经济专业调整为技术经济专业，属理工科管理类，学制4年。同年本专业获得硕士学位授予权，招收运输经济学硕士研究生。
1987年水运经济系成立。1988年10月，根据国家教委统一专业目录的要求，技术经济专业改为运输经济专业，属经济学类，年制4年。
1993年，为了适应改革开放和市场对航运人才的需求，上海海事大学水运经济系的运输经济专业拓宽了外贸运输的专业方向，改为运输经济（外贸运输经济）专业，属经济学类，学制4年。同年新设国际贸易专业，属经济学类，学制4年；至此水运经济系拥有2个本科专业。
1994年，运输经济（外贸运输经济）专业调整为运输经济（外贸运输）专业，属经济学类，学制4年。同年新设国际金融专业，属经济学类，学制4年。至此水运经济系拥有3个本科专业。
1995年水运经济系更名为国际经济与贸易系。
1997年9月，为适应上海海事大学教学改革中确立的“适应社会需求尽量朝着通才的方向挖掘学生潜力”的培养目标，国际经济与贸易系对授予经济学学士的专业开始实施“大类招生”的教育模式。经济学类学生入学后的前两年不分专业，一年级和二年级先学习公共必修课和专业基础课，学生进入三年级，按照学生的志愿和“优生优选，选满为止”的原则，分到经济学、国际贸易和国际金融3个专业。
2000年，根据教育部专业调整目录的要求，运输经济（外贸运输）专业改为经济学专业，属经济学类，学制4年。国际贸易专业改为国际经济与贸易专业，属经济学类，学制4年；国际金融改为金融学专业，属经济学类，学制4年。
2001年国际经济与贸易系新设国际经济与贸易（电子商务）专业，属经济学类，学制4年；至此国际经济与贸易系拥有4个本科专业，并继续实行大类招生培养模式。
2006年，根据国家教委专业目录要求，国际经济与贸易（电子商务）专业改为电子商务专业，属管理类，学制4年，划归给上海海事大学工商管理系。
2007年，物流经济系成立。
为适应新的形势发展，经济学专业改为经济学（海运与物流）专业，属经济学类，学制4年。目前，经济学专业是我国普通高校中，最具海运经济和物流特色的经济学专业点。 国际经济贸易系的前身是1956年创建于中南交通学院(现武汉理工大学)的水运经济系，该系于1963年迁入我校。1993年，为了适应改革开放及地方经济发展对人才的需要，水运经济系对原有专业进行改造、拓宽后，更名为国际经济贸易系。2007年10月经济管理学院再次进行学科与专业资源整合，组建成立新的国际经济贸易系。
国际经济贸易系现设国际经济与贸易、金融学(海运金融)两个本科专业和国际贸易学一个硕士学位点。
国际经济贸易系有一支高水平的结构合理的师资队伍，现有教授2人，副教授6人及讲师和助教若干人。近年来，除了正常的教学培养任务外，该系教师还完成了大量的省、部级和企事业单位的科研项目，取得了很好的社会经济效益，并多次获得市、部级和全国性行业协会的科技成果奖。目前该系教师正参与承担国家社会科学基金资助项目和上海市“908项目”等多项重大科研项目。
1995年，为了加强基础，拓宽知识面，体现素质教育的精神，国际经济与贸易、金融学(海运金融)两个本科专业率先被列入经济学类专业大类培养教学计划。从1997年开始，又进一步实行了大类招生、大类培养的方案。 财务与会计学系成立于1994年5月，其前身为1963年创建的“水运财务会计”专业，是当时交通部所属院校中唯一设置的会计本科专业，也是当时上海仅有的两个会计学本科专业之一，主要培养交通运输部门的高级财务管理和会计人才。1993年以后，为了适应我国改革开放、与国际交流和市场经济发展的需求，由原来的水运企业财务会计知识结构，拓展为通用会计知识结构与水运行业财会业务相结合的特征，形成了通用性与行业性兼备的专业特色。
财务与会计学系目前开设有“会计学”、“会计学（国际会计）”、“会计学（ACCA方向）”、“财务管理”四个本科专业方向。从1995年开始曾培养了5届“审计学”专业本科生，后因国家教育部统一专业设置而停止招生。
财务与会计学系自1980年代就开始培养硕士研究生，1996年正式取得会计学专业硕士学位授予权。 管理科学系于2007年10月由原工商管理系中的管理科学和电子商务两个本科专业组建成立，具有管理科学和工程一级学科硕士点。早在1993年，我校就开设了管理科学辅修专业，主要招收由各系（管理系除外）推荐的优秀本科生。我校的管理科学辅修专业一直延续到2000年，一共开设了八届，招收学生193人，结业112人，该专业按照管理类学科体系讲课，知识结构比较系统化，注重培养学生的实际能力。在1998年，我校就建立了“管理科学与工程”的硕士点，主要培养一些高端型人才，参与企业部门管理、政府部门规划的决策咨询工作。该硕士点的研究生毕业后受到社会的好评，毕业生大多担任企业的骨干。随着我国经济的发展、对外改革开放的深入，特别是上海经济的高速发展，上海需要更多的这种管理人才。因此，我校依靠办硕士点的成功经验，加上开办过几年管理科学辅修班，对课程设置进行过调查与多次修改， 于2003年被批准设立了管理科学本科专业，隶属于工商管理系，并于2003年9月开始招收本科学生，年招生规模30人左右。2007年10月，调整为管理科学系的一个独立专业。电子商务专业于2001年开始招生，最初作为国际经济与贸易系下设的一个专业方向。从2001年至2005年，电子商务专业每届招生约40人。2005年底，电子商务专业正式获得国家教育部批准，成为独立的本科专业。同时，电子商务专业又成为上海市“海关物流”人才教育高地重点建设的专业之一，这对电子商务专业的发展又提供了极好的契机。2006年秋季，作为工商管理系的一个独立专业。2007年下半年，调整为管理科学系的一个独立专业。
