1、原理不同：
免疫组化利用抗体和抗原之间的结合具有高度的特异性。先将组织或细胞中的某种化学物质提取出来，以此作为抗原或半抗原，通过免疫动物后获得特异性的抗体，再以此抗体去探测组织或细胞中的同类的抗原物质。
western blot也是利用抗体和抗原之间的结合具有高度的特异性。经过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离的蛋白质样品，转移到固相载体上，固相载体以非共价键形式吸附蛋白质，且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原，与对应的抗体起免疫反应，再与酶或同位素标记的第二抗体起反应。
2、组织定位不同：
免疫组化在组织定位和定性上比较准确，但是在定量上不够准确。western blot因为有内参标定，所以在定量上要更加准确，但是在组织定位上不如免疫组化。
扩展资料：
一、 免疫组化（SP法）操作步骤：
1、切片常规脱蜡至水。如需抗原修复，可在此步后进行。
2、缓冲液洗 3min／2 次。
3、为了降低内源性过氧化物酶造成的非特异性背景染色，将切片放在 Hydrogen Peroxide Block 中孵育 10－15 分钟。
4、缓冲液洗 5min／2 次。
5、滴加 Ultra V Block ， 在室温下孵育 5 分钟以封闭非特异性的背景染色。
6、缓冲液洗 5min／2 次。
7、滴加一抗工作液 37 ℃孵育 1 － 2 小时。
8、缓冲液洗 5min／2 次。
9、 滴加 Primary Antibody Enhancer（增强子），在室温下孵育 20 分钟。
10、缓冲液洗 5min／2 次。
11、滴加 HRP Polymer（酶标二抗） ，在室温下孵育 30 分钟。
12、缓冲液洗 5min／2 次。
13、向 1ml DAB Plus Substrate （或 AEC Plus Substrate） 中滴加 1－2 滴 DAB Plus Chromogen （或 AEC Plus Chromogen），混匀后滴加到切片上，孵育 3 － 15 分钟。
14、自来水充分冲洗，复染，脱水，透明，封片。
二、 western blot操作步骤：
1、SDS－PAGE试剂：见电泳实验。
2、匀浆缓冲液：1．0M Tris－HCl（pH 6．8）1．0ml；10％SDS 6．0ml；β－巯基乙醇 0．2ml；ddH2O 2．8ml。
3、转膜缓冲液：甘氨酸 2．9g；Tris 5．8g；SDS 0．37g；甲醇200ml；加ddH2O定容至1000ml。
4、0．01M PBS（pH7．4）：NaCl 8．0g；KCl 0．2g；Na2HPO4 1．44g；KH2PO4 0．24g；加ddH2O至1000ml。
5、膜染色液：考马斯亮兰 0．2g；甲醇80ml；乙酸2ml；ddH2O118 ml。包被液（5％脱脂奶粉，现配）：脱脂奶粉1．0g 溶于20ml的0．01M PBS中。
6、显色液：DAB 6．0mg；0．01M PBS 10．0ml；硫酸镍胺 0．1ml；H202 1．0μl。
所以免疫组化在组织定位和定性上比较准确，但是在定量上不够准确。本回答被提问者采纳