正常情况下，清朝的尚书的品级要比总督的品级高，如果出现总督兼任其他职位的话，总督是可以跟尚书的品级一样，甚至更高，但是对于实权来讲，总督的实权要更大一些。在清朝时期，很多官员除了本身的职位之外，有时候还会兼任一些职务，这样一来就能够让自己的品级提升，比如尚书兼任大学士，总督加授兵部尚书，总督加授兵部尚书兼都察院右都御史等等，都是非常常见的情况的，所以还要具体看有没有兼任其他职务去综合判断。
在清朝时期，如果是单纯的尚书来讲，是从一品的官位，而总督的官位一般都是正二品，所以如果没有另外加授其他官位的话，很明显，尚书的官位要比总督的大。
但是清朝时期很多官员不但有自己的职务，还要负责其他的职务，比如总督兼任兵部尚书，这样一来，因为兵部尚书的原因，总督也从正二品晋升为从一品官员，所以这时候的总督跟其他的尚书都是从一品，官位等级一样，可以平起平坐。所以，如果要细究总督跟尚书的品位高低的话，主要得看其有没有兼任其他官位，如果有的话，总督是可以跟尚书同样的品位的，没有高低之分。
而至于实权来说，总督是实权要比尚书要高很多。清朝时期的尚书，其实并没有什么实际有力的实权的，特别是兵部尚书，在设立军机处之后，兵部尚书的实权就被削弱了许多，根本没有什么重要的实权。而总督就不一样了，总督虽然侧重于军事方面，但是在他的管辖之内的几个省份的各种事务，总督都是可以插手的，都是有一定的话语权的。因此，总督比尚书来讲，实权要更有利，更高一些。
这两个官员，一个是皇帝放在眼皮子底下的，站在中央决策层内部；一个是手握地方军政大权的，也可以说是皇帝心腹中的心腹，因为绝对相信才将他们外派。论品级的话，尚书官从一品，总督官正二品。而全国比较重要的五大总督，直隶、两广、陕甘、湖广、两江总督，一般会再加一个尚书头衔的，官从一品，等于给了总督一个荣誉称号。
一个掌管全国事务的部长，一个是掌管地方军政的总督，如果单看品阶的话的确是尚书大。但毕竟六部长不是虚设，总督办事还是要配合六尚书行政的，总督办公也要向尚书报告。但是看手上的权力大小的话，特别是混乱或者战争年代，地方首长的权力肯定要高一些。
清朝六部之中权力比较高的就是吏部、户部了。吏部的重要性显而易见，他们主管全国官员的考核，把握这各级官员升职或者降职的大权，等于就将官员们的仕途都掌握在手中。在古代科举之中，吏部官员还要兼任主考，所以对于吏部，小官员们还是比较畏惧的。清朝历代的吏部尚书中有隆科多、明珠、李光地、复康安、张廷玉等等备受皇帝崇信的名臣。
户部尚书说白了就是管钱的，无论在皇家还是在民间，只要是管钱的都得罪不起。清朝历史上最有名气的户部尚书和珅，在这个职位上是捞了多少油水啊。还有一个因为清宫剧而大红大火的傅恒，也做过户部尚书一职。
再看比较重要的几大总督。最有权的直隶总督辖区从北京、天津到河北、河南，甚至还有一小部分山东地区。坐在这个位置上的名人有李卫、曾国藩、李鸿章、袁世凯。最有钱的两江总督也是肥差之中的肥差，在晚晴他们还兼职南洋大臣，权势非常之大，比较出名的林则徐、左宗棠、于成龙。
在天高皇帝远的地方，若是想要中饱私囊，肯定要比中央的尚书们更加容易便捷。在晚清时期，地方总督的权力已经非常之大。在清政府已经开始对列强宣战之后，两江总督刘坤一和湖广总督张之洞，他们就曾经跳过清政府，直接和列强签订了东南互保协议。
但是在清朝，无论总督权力有多大都不会出现造反的是情况。一是因为“兵非将有”的原则，调遣军队的权力最终还是在皇帝的手中，私自调兵乃是死罪。而是因为军队的粮饷也是在朝廷手里，士兵很难跟着总督一起造反。此外在地方官员的设置上，也有监察官员严密监控总督的行为。
在清朝的时候，总督的权力比尚书的权力更大，因为总督可以掌管他所在区域的所有的财政大权，但是尚书一共有六个，他们的职能是十分分散的。
而且在清朝的时候，尚书一共分为户部、礼部、兵部、刑部、工部和吏部，这个官职属于从一品，而总督的官职属于正二品，虽然总督的官职比尚书的官职小一点，但是总督是有实权的，而尚书并没有什么实权。
不过在清朝初期的时候，尚书的权力还是挺大的，因为每一任的尚书都还兼任其他的职位，例如军机大臣，所以在这个时候，尚书的地位是在总督之上的，而且清朝实行的是中央集权，所以很多事情都是通报给尚书，再由尚书传达给皇帝。
而且在明代的时候尚书的权力也非常的大，而且当时的吏部和兵部尚书是可以直接调兵的，但是到了清朝后期就不行了，因为清朝的权力比较集中，所以尚书的权力也在被渐渐的分解，以至于到后来他们主要就是办事的一个大型机构。
因为所有的权力都在皇帝手中，皇帝在下达命令的时候也是传达给各地的督抚，而且很多地方的总督都可以说是当地的土霸王，尤其是在太平天国时期之后，尚书的权力已经被架空了，但是总督却是手里掌握兵权的人，而且总督的地位与做总督的这个人有关，例如李鸿章、张之洞等人，他们都是有名的大臣，因此他们的地位是非常高的。