在古人智慧结晶《战国策》中就点出了杨秀清失败的原因：智伯出行水，韩康子御，魏桓子骖乘。智伯曰：始，吾不知水之可亡人之国也，乃今知之。魏桓子肘韩康子，康子履魏桓子，蹑其踵。然后韩氏和魏氏，一起联合赵氏，最后灭了智伯。
而杨秀清想要封“万岁”，他僦要不断地架空天王，然后打压众王。杨秀清在军事政事确实颇有建树，然而在他打压众王的同时，却犯了众怒，只是大家敢怒不敢言罢了。这个时候，只要有一个人能够站起来反对杨秀清，那杨秀清就会是众叛亲离的下场，而这个人就是北王韦昌辉。
（东王杨秀清）
1854年，杨秀清命令韦昌辉西征，顺势剥夺了韦昌辉守卫京城的权力。韦昌辉的部将张子朋在前往 “水营”求船的过程中，故意殴打士兵，闹出了兵变。最后杨秀清出面，杖责张子朋，并且以“管束手下不力”还打了韦昌辉三百军棍。
船没拿到不说，韦昌辉的屁股受了伤，西征也去不了了，只好卧床休养。杨秀清的这一手确实玩得漂亮，这一来一回，就剥夺了韦昌辉的全部军队（韦昌辉亲属除外），并且还全掌握了整个天京的防卫力量。
1856年，杨秀清把还在府上的卧病修养的韦昌辉喊来东王府，把他骂得一文不值，并且让他带兵前往江西，这应该是要为他封“万岁”做准备了。
（北王韦昌辉）
韦昌辉表面上极尽服众命令，然而内心却仇恨四起，他带着一肚子气上路了。在路上，他却秘密地前往燕王秦日纲的军中，韦昌辉有一肚子话要与秦日纲说。
话说两头，此时秦日纲在江苏。秦日纲的心情也是低落，他被杨秀清贬为奴，虽然继续带兵，但他深恨杨秀清。秦日纲的怨恨，还得从1854年的“牧马人”事件说起。
1854年，秦日纲的一个牧马人拿着一个板凳坐在门前。杨秀清的一个叔叔从秦日纲家门口路过，因为牧马人没有站起来行礼，当场就打了这个牧马人两百鞭。打完之后，又押着牧马人去找秦日纲理论。
秦日纲是一条好汉，打天下杀敌人，从来就没皱过一丝眉头，看到来人如此嚣张，秦日纲当然没有理会，牧马人也是打天下的好汉，凭什么任你欺压？
（燕王秦日纲）
杨秀清的叔叔只是个国宗，他拿燕王秦日纲没办法，于是又押着被打得半死的牧马人，找到了刑部尚书黄玉琨，要求再打这牧马人二百板子。
黄玉琨一身正气，当然不买他的帐。最后杨“国宗”一脚踢翻了刑部的桌案，转身去找杨秀清告状。结果杨秀清大怒，打了秦日纲一百杖、黄王琨三百杖、牧马人则被五马分尸。过了一年，杨秀清又顺着“田家镇之败”，把秦日纲一撸到底，贬其为奴。
由此可见，秦日纲对杨秀清的不满，都是一同起来打清妖的贫苦兄弟，凭什么你杨秀清也可以如此飞扬跋扈？
话说，当韦昌辉出现在秦日纲的面前时，秦日纲惊呆了。北王不是去西征吗？怎么会出现在这里呢？违抗军令那是要人头落地的。
（北王密会燕王）
秦日纲赶忙让心腹把大帐四周围住，然后把韦昌辉带往后帐。韦昌辉却没有这么紧张，他带着一丝嘲笑的语气说道，“秦兄弟，你这么小心，难道你就这么害怕杨秀清吗？”秦日纲却没有在意韦昌辉的语气，他问道，“北王，你不是去江西吗？怎么会在这里？”
韦昌辉身高一米八零，他居高临下地紧紧地盯着秦日纲，“秦兄弟，天王下旨让你带兵跟着我，你愿意吗？”
秦日纲感到意外。于是他便问道，“北王，天王下了什么旨意？”听到这话，韦昌辉心中逼迫自己下了判断，于是他便换上一丝笑脸，叹了口气道，“燕王，天王说你忠于国事，希望天王没有看错你。”说完之后，便从怀里掏出一份诏书，用庄重的声音念道：“燕王秦日纲听旨！”
看到秦日纲的脸上仍有质疑，韦昌辉停了一下森然说道，“燕王，你难道怀疑天王的旨意吗？你难道不想一想我为什么要不顾生死地来找你吗？”
（密谋倒杨）
秦日纲沉默了一阵，终于跪下说道，“臣秦日纲接旨！”接过诏书，查看字体印章都没错，都是洪天王的，内容是要求燕王带上亲信，听从北王调动、一起行事。
放下诏书，秦日纲激动的说道：“北王，我们去哪里？”韦昌辉便说道，“跟着我一起行事便可！”“好！”秦日纲此时其实心里面已经有些数，在杨秀清手底下受了这么多气，天王洪秀全这个最高统治者终于发令了，秦日纲当然愿意听天王洪秀全的。
第二天一早，秦日纲立刻挑选出他的铁杆亲信两千余人，然后命令其它的兵马照常向前行军，而他自己却以断后的名义，率领两千余人，渡过长江，然后按照韦昌辉的计划，直奔天京而去。
（兵临城下）
秦日纲打着别的部队旗号，大摇大摆的直奔天京，终于在五天之后的天黑时间抵达天京城门外。而在此之前，走到半路时，就有韦昌辉的人过来接应了。两拔人马一汇合，又多有五六百人的部队加入，大约三千之数。
兄弟们此时也累坏了，干脆席地而坐，努力恢复身体带来的疲劳。而韦昌辉却叫秦日纲到了帐中，在灯火之下，又拿出了一份旨意。秦日纲这次没有丝毫的迟疑，他跪地接过诏书，一看上面仍然还是熟悉的字体——令秦日纲随韦昌辉进京诛贼！
贼人是谁没有说清楚 ，但秦日纲早就明白，贼人就是东王杨秀清。秦日纲跪着大声说道，“臣秦日纲接旨”。韦昌辉前倾扶起秦日纲，说道：“秦兄弟，我进去诛贼。你只要围住贼人府邸即可，但却不能让人从里面逃出来。”
（韦昌辉一剑在手杀心大起）
“好”，秦日纲也毫不犹豫回答道。韦昌辉见完全服从了命令。他心中大定。深夜，三千人马列着整齐的队列向着天京城门直扑而去。夜色中城门紧闭，城头也有人影在来回晃动，秦日纲变得紧张起来。但是随着一声沉闷的声响，大门接着缓缓地打开了。
韦昌辉拔出长剑，“走”，他的一声低喝，便带头冲了出去，秦日纲紧随其后，三千兵也跟随着主将向城内冲去，过了不到一个时辰，城内人呼马叫，杀声震天。
韦昌辉带领先头部队从正面、侧门杀入东王府，而秦日纲则率兵包围了了整个东王府。一小段时间过后，府内的喊杀声终于平息了下来……
（天京事变）
北王韦昌辉有请秦日纲进府。只见一路尸体隐隐约约伏于道中，直接进入到了杨秀清的睡觉的寝宫，又见一具无头尸体倒在地上，仔细一看，却是东王杨秀清。
而韦昌辉还在拿着一把剑，用广西方言在狠狠骂着，那怨毒的语气，那扭曲的脸庞，在灯光之下那张牙舞爪地身影，变得像邪魔附了体一样的凶神恶煞。秦日纲的心中一“咯噔”，这北王好像已经走火入魔了！
杨秀清会被轻易铲除，与其糟糕之人际关系，以及过度自信之心理有关，太过飞扬跋扈，得罪人太多。加上韦昌辉死趁着半夜突袭东王府，杨秀清没什么准备。
一、定都天京后，杨秀清集三权与一身
1848年，冯云山被捕入狱，拜上帝教人心惶惶，杨秀清突然倒地不起，口吐白沫，玩“跳大神”，假托“天父下凡”，及时稳定了人心，也取得“代天父传言”之权力，掌握了教权。
1851年3月，洪秀全在武宣东乡称王，封杨秀清为“左辅正军师”，这在实行“军师负责制”的太平天国，无异于掌握了政权。1851年12月，永安封王时，明确规定“所封诸王，俱受东王节制”，杨秀清又掌握了军权。
定都天京后，杨秀清包揽一切政务，城防重任也从北殿转移到东殿，杨牢牢控制了天京城防。可以说，杨秀清集政权、军权、教权于一身，又控制了天京城防，权势相当大。
二、天京事变，杨秀清被铲除
1856年9月，韦昌辉接到洪秀全“诛杨密诏”后，率领所部3000精锐星夜兼程赶回天京勤王。在天官正丞相、佐天侯陈承瑢配合下，勤王大军顺利进入天京，而后抢占通往东王府各条街道，并修筑街垒，布置障碍。韦昌辉率部直接杀向东王府，乘着东王杨秀清熟睡之际，一刀解决了他。东王府的幕僚也被铲除。一夜之间，血流成河，这是变故被称为“天京事变”。之后，太平天国由盛转衰。
三、杨秀清轻易被铲除的原因
1、得罪天王洪秀全，犯了欺君大罪，导致两者矛盾激化
在“军师负责制”下，洪秀全作为天王只是国家虚位元首，临朝不理政，没有实际权力，实权掌握在军师之手，也就是杨秀清之手。但是，洪秀全毕竟是君，是最高领导人，权威摆在那里，不容挑战。
杨秀清在此问题上犯了大错，没能正确处理跟洪秀全之间关系，导致两人矛盾尖锐化，这是他被除掉之重要原因。
2、飞扬跋扈，不把其他同僚放在眼里，经常责打，引起众怒。
为了打压韦昌辉，杨秀清经常借助“天父下凡”对其进行杖责，有时甚至打得韦好几天下不了床。又在牧马人事件中，同时得罪石达开、秦日纲、陈承瑢。得罪人太多，自己还很自信，疏于防备，压根就没想过大伙会联手杀掉他。
人际关系不好，又过于自信，杨秀清自然难逃一死了。 在天京事变中，陈承瑢送出天王密诏，打开城门迎接勤王大军，韦昌辉入城后直奔东王府，杨秀清还没来得及反应就被杀掉。可以说，杨秀清会被轻易铲除，是多人合作的结果。