宅基地纠纷的诉讼时效，需要分情况来判断：
1、与宅基地有关的合同纠纷，如宅基地转让的合同，适用《民法典》三年诉讼时效的规定；
2、因要求停止对宅基地的侵害，排除对宅基地使用的妨害，或者消除对宅基地潜在危险而起的的纠纷，不适用诉讼时效的规定。例如，拆除邻居即将倒塌的院墙、移除堆放在门口的堆放物等；
3、因为宅基地本身而起的纠纷，如要求赔偿对宅基地造成的损害，返还占有等，依据《民法典》第一百九十六条第二项的规定，不适用诉讼时效的规定。
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十六条 第一项 第二项下列请求权不适用诉讼时效的规定：
（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；