为落实耕地占补平衡目标，国土资源部先后出台了《关于切实做好耕地占补平衡工作的通知》、《关于加大补充耕地工作力度确保实现耕地占补平衡的通知》、《关于进一步加强和改进耕地占补平衡工作的通知》和《耕地占补平衡考核办法》等文件。这些文件确立了耕地占补平衡一系列工作制度和有关政策，提出了一些加强管理的具体措施，对地方工作起到了重要指导作用。
（1）实行补充耕地责任制度，落实法律规定。单独选址建设项目用地由建设单位负责补充耕地，可以利用工程设备，由国土资源管理部门依据规划安排土地开发整理项目自行开垦，没有条件自行开垦的，可以按照省（区、市）规定的标准缴纳耕地开垦费，委托当地国土资源管理部门组织开垦耕地；土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地范围内分批次建设用地，由市、县人民政府负责补充耕地，在分批次建设用地依法批准后向具体的建设项目供地时，建设单位须按照规定标准缴纳耕地开垦费，统一委托当地国土资源管理部门组织开垦耕地。在省（区、市）行政辖区范围内耕地能否占补平衡，省级国土资源管理部门担负着重要责任。
（2）实行项目挂钩制度，保证补充耕地任务得到真正落实。补充耕地需通过组织实施土地开发整理复垦项目来完成。为保证责任单位履行法定义务，建设项目补充耕地必须与土地开发整理复垦项目挂钩。土地开发整理复垦项目须符合土地开发整理复垦专项规划，从立项、规划设计、工程施工到竣工验收都要按照项目管理程序和规定申报、组织实施。建设用地报批时，补充耕地方案必须注明与补充耕地挂钩的土地开发整理复垦项目名称和有关情况。对未实行项目挂钩的补充耕地方案，原则上不予批准建设用地。
（3）实行补充耕地储备制度，倡导“先补后占”。为使建设项目占用耕地及时得以补充，部文件倡导市、县先垫付资金，实施土地开发整理复垦项目，将新增的耕地指标划入耕地储备库，建立补充耕地储备制度。当建设项目占用耕地需补充时，从耕地储备库中划转耕地指标实行“先补后占”，再收缴耕地开垦费。对依法收缴的耕地开垦费实行专款专用，安排土地开发整理复垦项目。文件要求，城市分批次建设用地必须实行“先补后占”，当然，对于占用耕地多的单独选址建设项目，由于补充耕地的土地开发整理项目实施周期长，也可以实行“边占边补”，但项目一定要进行验收，以保证补充耕地得到真正落实。
（4）实行登记台账制度，力求补充耕地数据真实、可靠。无论是“先补后占”还是“边占边补”，都涉及补充耕地的大量数据，特别是“先补后占”，会出现一个大的土地开发整理复垦项目新增耕地指标纳入耕地储备库，用作多个建设项目补充耕地的情况，因此，要建立登记台账制度，并实行严格管理。耕地占补平衡按建设项目考核，一方面依据登记台账，另一方面进行实地查看，以保证补充耕地的真实性、准确性。
（5）实行按建设项目考核制度，确保补充耕地数量和质量。依照法律规定，真正实现耕地占补平衡的衡量标准，一是建设单位确实履行法定义务，二是与建设项目挂钩的土地开发整理复垦项目确实得到实施，并验收合格。为此，必须搞好耕地占补平衡考核工作，而这种考核必须按建设项目进行。县级以上国土资源管理部门要按照“占多少，垦多少”的原则，对依法批准占用耕地的非农业建设用地补充耕地方案的落实情况进行检查核实。
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