当地县（市、区）住房城乡建设主管部门（当地住建局）。
办理乡村建设规划许可证，需先携带申请材料向乡、镇人民政府提出书面申请，再由城市、县人民政府城乡规划主管部门审核并对符合条件的核发证件。
《乡村建设规划许可证》是建设单位或者个人在进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设前，经乡、镇人民政府审核后，报城市、县城乡规划行政主管部门确认建设项目位置和范围符合规划的法定凭证，是建设单位和个人用地的法律凭证。
实行乡村建设规划许可证管理制度是《中华人民共和国城乡规划法》对乡村建设的新要求。建设部《贯彻实施中华人民共和国城乡规划法的指导意见》提出，我国将建立乡村建设规划许可证制度。乡村建设规划许可证制度要充分体现农村特点，体现便民利民和以人为本，满足农民生产和生活需要，遏制农村无序建设和浪费土地。
申请乡村建设规划用地许可证的一般程序
（1）凡在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当持批准建设项目的有关文件，向乡、镇人民政府提出建设用地申请，由乡、镇人民政府报县级人民政府建设规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
（2）县级人民政府建设规划行政主管部门按照乡、村庄规划的要求和项目的性质，核定用地规模等，确定用地项目的具体位置和界限；
（3）根据需要，征求有关行政主管部门对用地位置和界限的具体意见；
（4）建设规划行政主管部门根据乡、村庄规划的要求向用地单位和个人提供规划设计条件；
（5）审核用地单位和个人提供的规划设计图；
（6）核发乡村建设规划用地许可证。
在原有宅基地上建房的申请程序
（1）经乡级人民政府核实，向县级人民政府规划建设行政主管部门提出建房申请；
（2）根据需要，征求四邻对用地位置和界限的具体意见；
（3）县级建设规划行政主管部门根据乡、村庄规划的要求，向用地建房人提出设计要求；
（4）核发乡村建设规划用地许可证。
村民住宅建设项目
1、乡村建设规划许可证(村民住宅建设项目)申报表；
2、建设项目申请书；
3、相应测绘资质单位出具的建设工程规划放线测量技术报告；
4、多层建筑需提供相应资质单位设计的施工图2份；
5、消防审核意见；
6、建设用地相关证明，占用农用地建设的需提供农用地转用审批文件；
7、建设项目对四邻有影响的，需提供四邻签字认可意见；
8、申报单位（人）委托代理的，提交授权委托书及被委托人身份证复印件,同时交验原件；
9、法律、法规、规章规定的其他材料。
法律依据：
《中华人民共和国城乡规划法》
第四十一条 在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。
在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。
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