两者的区别：
1.基本矛盾是指贯穿于事物发展过程的始终并规定事物的过程基本性质的矛盾。例如，人民大众同帝国主义、封建主义、官僚资本主义之间的矛盾是中国资产阶级民主革命过程中的基本矛盾，它贯穿于每个革命过程的始终，并规定每个革命过程的基本性质。主要矛盾是指在复杂事物的矛盾体系中处于支配地位，对事物发展过程起着决定作用的矛盾。
2.基本矛盾在事物发展过程中与非基本矛盾（不一定贯穿于事物发展过程始终，不规定事物发展过程基本性质的矛盾）相对立而存在，以各种非基本矛盾为自己的对立面。主要矛盾在复杂的事物发展过程中与许多次要矛盾（处于次要和服从地位的矛盾）相对立面而存在，以各种次要矛盾为自己的对立面。
3.基本矛盾支配事物发展全过程，规定和影响着非基本矛盾的存在和发展，对事物的根本性质起着决定作用。基本矛盾对于把该事物与其它事物从根本性质上区别开来具有决定意义。主要矛盾在复杂的事物发展过程中处于支配地位，起着领导作用、决定的作用，由于它的存在和发展，规定或影响逢次要矛盾的存在和发展，它的解决对于事物发展的全局具有决定意义。
4.基本矛盾是我们从根本性质上区分不同事物的重要依据，例如，生产力和生产关系，经济基础和上层建筑的矛盾规定了人类社会发展过程的根本性质；遗传与变异、同化与异化的矛盾决定了生物过程的本质。基本矛盾不同，两者才具有不同的根本性质。而主要矛盾是我们区分同一事物发展过程中不同阶段的重要依据。例如，我国的新民主主义革命过程共经历了四个阶段，这是由主要矛盾的变化和推移决定的，
北伐战争的胜利，解决了人民大众同
北洋军阀这些帝国主义走狗之间的矛盾，结束了第一次国内革命战争；但是，1927年“四.一二”
蒋介石叛变革命，人民大众同以国民党反动派为代表的大地主大资产阶级的矛盾突出起来，成为主要矛盾，这就进入了
土地革命战争时期；后来日本帝国主义大举侵华， 民族矛盾上升为主要矛盾，
抗日战争就开始了；日寇投降后，蒋介石撕毁焦点协定，全面内战，这时人民大众同美帝国主义扶持的蒋介石集团之间的矛盾成为主要矛盾，开始了
解放战争时期。
5.基本矛盾贯穿于事物发展过程始终，基本矛盾解决了，事物整个过程也就终结了，事物根本性质也就随之发生根本变化。而主要矛盾往往只表现为基本矛盾发展的一定阶段，而不贯穿于事物发展全过程。它或者转化为次要矛盾，此其一。其二，在一定条件下，主要矛盾不一定属于基本矛盾，而是某个非基本矛盾，甚至是事物的外部矛盾。例如，同化和异化，遗传和变异是农作物和一切生物发展的基本矛盾，但是，一场灾难性的暴风雨可以使农作物不能正常地生长，甚至使农作物死亡。这时，怪异气候同农作物之间外部矛盾就成了农作物发展过程中的主要矛盾。
6.基本矛盾可能是一个，也可能是多个，而在事物发展进程的某一阶段的主要矛盾则只有一个。
两者的联系表现在：
1.基本矛盾和主要矛盾都是讲矛盾发展力量不平衡问题，都属于矛盾特殊性范畴，地者在自己的矛盾体系中都居于支配地位，起着决定作用。
2.基本矛盾是主要矛盾的基础和源泉，主要矛盾是基本矛盾在某个特殊历史阶段的特殊表现。基本矛盾制约主要矛盾，主要矛盾的产生、发展、变化要受基本矛盾的规定和影响。主要矛盾是由基本矛盾所决定和影响的许多矛盾中的一种矛盾，是在某一发展阶段上被激化了的矛盾。它可能是基本矛盾中的一个，也可能产基本矛盾的集中表现，与基本矛盾合而为一。例如，在民主革命时期，从阶级关系上看，中国长期处在两种剧烈的基本矛盾中，这两种基本矛盾就是帝国主义和中华民族之间的矛盾，以及封建制度和人民大众之间的矛盾。到了抗日战争时期，由于日本帝国主义企图侵吞全中国，这就使得两种矛盾中的中华民族和帝国主义之间的这一对矛盾表现为日本帝国主义和中华民族之间的矛盾而上升为主要矛盾。又如在解放战争期间，中国的上述两种基本矛盾集中表现为中国人民和美蒋反动派之间的矛盾，这时，社会的主要矛盾和基本矛盾溶合在一起。
3.基本矛盾的解决，只有通过各个阶段的主要矛盾的解决才能逐步解决，主要矛盾的解决程度，会对基本矛盾的发展产生一定的影响作用。