房贷扣款余额不足补上后会第二次扣。通常到了房贷还款日当天，银行系统会进行多次扣款，也就是说第一次扣款余额不足时，系统会在任意时间进行第二次扣款，直到将房贷扣满为止。
不同银行对于贷款扣款规则不一样，具体以贷款经办行规定为准。房贷扣款时间是根据您合同约定的还款日在当天凌晨进行扣款，如果您已经错过扣款时间，请您尽快存入足额款项等待后续再次补扣。如还款日当天未能足额扣款成功，则会产生逾期记录；特此提醒您注意按照合同约定提前（不含还款日）将款项存入到还款账户，避免产生罚息及影响您的征信记录。
当银行卡余额不足以支付房贷时，系统会优先扣除银行卡当前余额，然后贷款人可以将剩余部分金额打入银行卡，等待系统第二次自动扣款。
注意事项：
房贷还款曰余额不足，当天存钱进去，银行会进行第二次扣款。
1、您可以通过手机银行、网上银行及电话银行自动语音主动操作还款（注：公积金贷款、行员贷款、赎楼贷款等，及逾期90天以上的贷款无法通过此方式还款）。
2、等待系统每天自动补扣（不包含公积金贷款、车购易及其他贷款公司贷款在招行的代扣款项）。注：若“扣款日”当天未及时足额还款，会产生逾期记录，由央行统一记录到征信系统。
如为商业贷款，个人贷款的自动扣款方式是一天两次，系统在贷款账户应还款日早上营业开始前进行一次自动扣款，在当天营业结束后进行第二次自动扣款（正常情况下每日晚间自动扣款18点开始，建议您提前存入充足的资金，避免产生逾期），按照“有多少扣多少”原则归还贷款账户拖欠款项（如遇周六、周日和法定节假日将照样扣款，不作顺延）。若约定还款日为31日等，其他无此日的特殊月份会在当月最后一日进行扣款。
贷款发生逾期不影响系统自动扣款方式，仍然为一天两次。
房贷扣款余额不足补上后，一般系统在还款日当天会发起第二次扣款。
1，如果只扣款一次，会使用户的逾期风险增加。而大部分房贷银行在扣款日当天，只要第一次扣款失败，后续都会再发起扣款，这样不仅可以确保在还款日当天扣除成功，也可以降低用户的逾期风险。
2，建议在还款日之前就将待还款金额存入卡中，这样系统第一次发起扣款就可以成功。为了避免逾期，最好在卡里面一次性充足够的金额，发现扣款余额不足后，要及时补上差额，最好主动联系银行说明情况，避免逾期。
拓展资料：
房贷还款方式：
1，等额本息还款
把房屋贷款的本金总金额与利息总金额相加，然后除以还款期限到每月中。还款人每个月固定还给银行金额，但每月还款金额中的本金比重逐月增加、利息所占比重逐月递减。
这种还款方式的优点是，每月需要还款的数额相同，且操作相对简单。适合教师、公务员等收入相对稳定的消费者群体。但是，它的缺陷就是，由于利息不会随本金数额归还而减少，银行资金占用时间长，还款总利息较以下要介绍的等额本金还款法高。
2，等额本金还款
所谓等额本金还款，又称利随本清、等本不等息还款法。贷款人将本金分摊到每个月内，同时付清上一交易日至本次还款日之间的利息。这种还款方式相对等额本息而言，总的利息支出较低，但是前期支付的本金和利息较多，还款负担逐月减少。
它的优势就是，前期还款较重但是后期相对轻松，随着时间增长，还款的负担会逐渐减轻，适合现有一定经济基础，但随着年龄增长就会收入相对减少的群体。
3，一次还本付息
此前，银行对这种还款方式的规定是，贷款期限在一年（含一年）以下的，实行到期一次还本付息，利随本清。但是，随着还款方式变革，一年的期限有望最高延长至5年。该方式银行审批严格，一般只对小额短期贷款开放。
这种还款方式，操作很简单，但是，适应的人群面比较窄，必须注意的是，此方式容易使贷款人缺少还款强迫外力，造成信用损害。采用这种贷款，贷款人最好有较好的自我安排能力。