至2012年底，深圳港累计投资600多亿元人民币建设港口设施，相继建成了蛇口、赤湾、妈湾、盐田、大铲湾、沙鱼涌、下洞、东角头、福永和内河10个港区，
能够提供客运的港口分别是：蛇口邮轮中心客运码头（蛇口码头）和深圳机场码头（福永码头）。
港口列举介绍：
1、蛇口港
蛇口港位于珠江口东岸深圳经济特区蛇口半岛南端，踞南中国海进入华南地区之咽喉要道，四通八达：水路距香港新界3.5海里，距澳门、珠海25海里，经珠江水系与广东、广西相连；
陆路经疏港大道与华南公路干线相接，经港区铁路与京九铁路相接进而与全国铁路网相接；距深圳国际机场30公里。年吞吐能力1500万吨，集装箱年通过能力50万标准箱，客流量年通过能力500万人次。
蛇口港可同时靠泊10艘万吨级以上船舶，最大靠泊10万吨级散货船，锚地可靠泊12.5万吨级散货船，是华南地区重要的粮食、建材集散中心和内贸集装箱中转口岸，并拥有深圳地区最大的客运码头。因蛇口港地理位置的原因，和现代机械的引入，导致大量的物品和产品都从蛇口港配发。
2、赤湾港
赤湾港在深圳经济特区西部的南头半岛顶端，位于珠江口东岸，东经113°53'， 北纬22°28'附近，距香港在20海里。距珠海、澳门在50海里，水、陆路距广州约150公里。赤湾港三面环山，呈"U"型港湾，紧临水深航道，多式联运俱全，是一个内河船舶和远洋水深巨轮均能靠泊的河口良港。
雾况：雾天能见度小于1000米，全年平均有雾6.4天。
降水：平均降水量为1578.4毫米。降水主要集中4-9月，占全年83%
风况：本海区常风向为东向，再次为北向，强风向为东南，其次是东向、西向，全年平均大于6级风的有7.7天。影响本地区的台风年均2次。
气温：年均气温24.8°C，极端最高气温为38°C，极端最低气温为1.1°C。
3、深圳妈湾港区
深圳妈湾港区该港区内主要有海星港口发展有限、深圳乐意液体仓库仓储有限公司、深圳月亮湾油料港务有限公司、南油港口仓储发展有限公司、深圳市沪星拖轮有限公司、深圳市能源港务有限公司等，
其主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。 妈湾港区面临珠江矾深水航道，以涨潮流为主，含沙量少，港区天然水深9～14米 。
4、东角头
东角头水运口岸,位置深圳市西部南头半岛,成立时间1985年3月,1987年1月，经国家批准为对外开放口岸。码头设计能力为50万吨。
5、大铲湾码头
大铲湾码头（一期）是深圳西部港区内的全新世界级集装箱码头，是集散泛珠三角各主要生产基地货物的理想站点。
项目股东分别是香港历史最悠久的码头运营商——现代货箱码头有限公司（占65%股份）和深圳市政府旗下全资公司——深圳大铲湾港口投资发展有限公司（占35%股份）。项目是深圳市政府的重大项目之一，已于2005年3月经国家发展与改革委员会批准开发。
参考资料：
深圳四个港区合称为深圳港，为世界四大港口之一，深圳四个港区盐田最大。
口岸：
罗湖、福田、皇岗、深圳湾、福田、文锦渡、沙头角、盐田港、大亚湾、蛇口、妈湾、东角头、 梅沙、 宝安国际机场这些口岸。
海关：
罗湖海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关、蛇口海关、大鹏海关、机场海关、笋岗海关、梅林海关、福田保税区海关、南头海关、同乐海关、沙湾海关、布吉海关、惠州海关、惠州港海关、惠东海关、深圳湾海关。
码头：
蛇口码头 福永码头、妈湾码头、东头角码头
深圳四个港区合称为深圳港，为世界四大港口之一，深圳四个港区盐田最大。
口岸：
罗湖、福田、皇岗、深圳湾、福田、文锦渡、沙头角、盐田港、大亚湾、蛇口、妈湾、东角头、 梅沙、 宝安国际机场这些口岸。
海关：
罗湖海关、文锦渡海关、皇岗海关、沙头角海关、蛇口海关、大鹏海关、机场海关、笋岗海关、梅林海关、福田保税区海关、南头海关、同乐海关、沙湾海关、布吉海关、惠州海关、惠州港海关、惠东海关、深圳湾海关。
码头：（国际海运货代找船网）
蛇口码头 福永码头、妈湾码头、东头角码头本回答被提问者采纳
一是西部市区的旧码头，有新风（在如意坊附近），有海珠区洲头咀附近的内一，内二和对面芳村的内四， 全部属于广州海关管辖。 现在基本使用新风码头内贸集装箱和进口。
二是东部黄埔地区的旧港码头，自西到东为：永业码头（私人), 嘉利码头（私人），黄埔港务公司的旧港大码头（政府股份企业），外运公司旗下的乌冲口码头（上市企业集团旗下），集通码头(私人），广裕码头（中远旗下）。 属于黄埔旧港海关管辖。 常用有： 旧港大码头，乌冲口两个。乌冲口兼拼箱和杂货类清关专用。旧港大码头兼内贸集装箱。其他几个小打小闹。
三是东部开发区周边的新港码头，有市港澳码头（又称东江口码头，合资），外运东江仓（外运旗下），穗港码头（合资），全通码头（台湾老板），广州港集司码头（广州港集团与新加坡PSA 公司合资），新沙码头（集司码头的分支，在东江大桥的东莞一边），保税区广保通码头。 属于黄埔新港海关管辖，保税区另属专有海关。
常用： 集司码头（黄埔最大型码头）有外贸国际航班大船，港澳驳船，内贸船。 外运东江仓基本做进口一点， 出口外贸少， 加上一大部分的内贸船装卸。 市港澳，穗港，全通都是合资公司， 进口客户较多， 出口按各自与船公司的装卸协议优惠，按船公司调配。 保税区码头， 就有进出口保税功能，特殊需要的客户才去的