一、南京大本营根基不稳，需要军力固守。
天平天国定都南京后，危机四伏，根基不稳，为了巩固南京，杨秀清把兵力分成了三部分，西征、北伐、固守南京。
西征，由太平天国副丞相赖洪英率领三万精锐，由朔江西征，主要为了夺取皖、鄂，并进一步控制安庆、九江等军事要地，从而作为保卫南京城的屏障，这次西征历时三年，最终太平军获得了西征的胜利，控制了安庆、九江、武昌三大重镇，有效的保障了南京城的安全，并为南京城源源不断的提供粮饷。
北伐，由林凤祥、李开芳率领两万广西子弟兵出征，主要是为了通过闪击效果直捣北京城，推翻腐朽的封建清王朝统治，出征初期，太平军连克连捷，经安徽、河南等地，直逼天津，但由于兵力有限、清军坚守、后援不利等因素导致失败，这场战争历时两年，最终太平军战败，但是震动了清朝的心脏地带，惊了清政府一身冷汗。
固守南京，剩余十万兵力固守南京，含家眷，广西老百姓等，目的是维持天平天国南京的统治，并作为机动兵力随时支援西征和北伐。
由此可见攻下南京城后太平军兵力也是有限的，为了固守南京，西征也征调了一部分兵力，只能派遣两万兵力来支撑北伐大业。
二、 杨秀清一次大胆的尝试，带有侥幸因素。
为什么说这是杨秀清一次大胆的尝试呢，因为杨秀清从金田起义到永安建制，再到攻下南京城，都是靠着他的广西子弟兵打下来的，在杨秀清眼里，太平军已经攻无不克、战无不胜了，而太平军士气高涨，清政府军士气低迷，派两万精锐一路北上，有可能会创造攻下南京城这样的奇迹，所以这次北伐杨秀清是带有侥幸因素在里面的，但由于后期援军不利，杨秀清骄奢堕落，导致北伐全军覆没。
三、牵制清军主力，阻止南下。
占领南京后，给南京造成严重直接威胁的是清朝江南和江北两个大营，但是固守北京的清朝精锐并未出动，一旦南下，对南京会造成非常大的威胁，为了战略需要，太平军主动出击，长驱六省，一直打到了天津，给清政府北方各省造成很大的威胁，清军主力要南下只能先歼灭这股北伐军队，只有巩固了北京城，才能南下，这次北伐也为太平军西征和统治南京争取了时间，所以杨秀清派出北伐是一种战略，在当时看是正确的，但由于后援不利，京城内斗导致北伐以失败而告终。
四、不排除杨秀清排除异己。
天王洪秀全在永安封王的时候，封了五个王，而翼王石达开、西王萧朝贵、南王冯云山、北王韦昌辉都受东王杨秀清节制，在永安建制的时候萧朝贵与东王是不和的，林、李二人又是萧朝贵的部下，随着萧朝贵战死，林、李在军中又是难得的骁将，为了消除异己，出征北伐本身是一个非常艰难的事情，这个时候杨秀清派出萧朝贵的部将北伐难免有清除异己之嫌。
另外在二人北伐受阻固守待援的时候，杨秀清只派了7000兵力去支援，在援助的途中就被消灭，这也导致林、李二人失去了南撤的机会，这也坚定了杨秀清清除异己的私信是存在的。
综上所述：杨秀清派林、李二人率两万将士北伐既是为了清除异己，也是为了战略需要，可谓是“一石二鸟”。