中国中材国际南京水泥工业设计研究院(以下简称南京院)成立于1953年，是中国水泥工业最早成立、实力雄厚、声誉卓著的国家百强设计研究院，是中材国际作为母体运行的主体企业。经过五十多年来的发展，现已发展成为我国水泥工业科技进步排头兵和我国新型干法水泥生产技术及装备研究、开发、设计、装备供货及工程总承包建设等领域服务的工程公司。南京院的前身是北京水泥工业设计院，起源于1953年在沈阳成立的中央重工业部建材工业管理局设计公司，1954年1月，设计公司由沈阳迁往北京管庄，1958年更名为北京水泥工业设计院。
1958年05月 建筑工程部抽调北京水泥工业设计院17名专业人员到华东工业建筑设计院，成立第四设计室，专事水泥工厂设计。
1965年12月 第四设计室从华东工业建筑设计院分出，成立华东水泥工业设计院，隶属于建筑材料工业部。全院约百余人。
1970年09月 建材直属科研设计单位被决定下放，并入同性质厂矿，由厂矿领导管理。华东水泥工业设计院于1972年底搬迁结束，150余名职工迁到江南水泥厂，名为江南水泥厂水泥工业设计院，援外设计称江苏省水泥工业设计院。后改名为江南水泥工业设计院。
1971年01月 北京水泥工业设计院一分为六搬迁下放，其中一部130余人迁至湖北黄石华新水泥厂，名为华新水泥厂设计队，后改为华新水泥工业设计所。
1978年08月 江南水泥工业设计院改名为国家建筑材料工业局第二水泥工业设计研究院。
1980年02月 改名为建筑材料工业部南京水泥工业设计院。
1982年03月 建筑材料工业部决定将湖北黄石的华新水泥工业设计所和四川江油的四川水泥工业设计院并至南京水泥工业设计院。1983年3月原南京院和原华新所陆续搬迁至南京市凤凰西街。原四川院因故未迁，后有40余名专业技术人员并入南京院。
1987年06月 改名为国家建筑材料工业局南京水泥工业设计研究院。1989年6月，南京院设计大楼落成启用，矗立于南京市汉中路209号。
2000年10月 与国家建筑材料工业局脱钩，正式进入中国非金属矿工业（集团）总公司，由事业单位改为企业。
2001年12月 由南京院和中国非金属材料总公司(原名“中国建筑材料工业建设总公司”)所属的其他5家单位联合成立中材国际工程股份有限公司。其中南京院是中材国际的主要优质资源、技术支撑和品牌代言，是中材国际的母公司。
此后，在中材集团和股份公司的正确领导下，南京院步入了快速发展阶段。实施了以工程总承包业务为核心业务的发展战略，在巩固工程设计和核心装备供货市场的同时，推动了工程总承包业务的快速发展，企业成功实现了向工程公司的转型。
2008年5月 南京院在江宁开发区的新研发中心办公大楼正式落成启用，建筑面积约31000平方米。
2008年12月 根据中材国际总发（2008）28号文“关于印发《中材国际母公司管理整合暨邯郸中材整合进入母公司的决定》的通知”，中材国际对母公司生产经营管理体系进行整合，并将邯郸中材建设有限公司整合进入母公司，共同组成新的中材国际母公司生产经营管理体系。
