1、分类不一样：外切酶按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。核酸内切酶分为DNaseⅠ和DNaseⅡ。
2、应用不一样：外切酶可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置。核酸内切酶可用于分析病原微生物DNA，通过酶切消化DNA，来了解到病原微生物遗传物质的一定特性，对于动物病毒尤其是对疫苗毒、野毒及变异毒株的检测具有重要的意义。
3、概念不一样：外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。核酸内切酶是在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶。
扩展资料：
核酸内切酶的影响及因素：
限制性酶切反应速度与底物的性质有很大的关系，底物的单双链结构、分子的构型、DNA链中酶识别位点的数目以及位点附近的序列等都影响着酶的催化反应。共价闭合环(超螺旋构型)DNA比其相应的线性分子的酶解作用要慢，要使超螺旋构型DNA彻底降解，需要的酶量就大。
对于DNA-RNA杂合双链的酶切作用，Molloy等用EcoRI等8种酶切时，结果其 DNA链可被切割，但酶用量比双链DNA大20-50倍。部分限制性酶还可切割单链DNA，如 Hae Ⅲ等。
核酸内切酶的应用：
用限制性内切酶分析(Restriction EndonucleaseAnalysis REA)病原微生物DNA已成为一种常用的方法，通过酶切消化DNA，然后电泳染色呈现大小不一的片段，对这些片段的迁移率及数量进行分析，便可了解到病原微生物遗传物质的一定特性。
在此基础上采用双酶切割或杂交等方法，则可推测出片段的排列顺序和酶切位点，从而推断出DNA间存在的相似性或差异性，对于动物病毒尤其是对疫苗毒、野毒及变异毒株的检测具有重要的意义。
参考资料：百度百科-外切酶
参考资料：百度百科-核酸内切酶