《帝女花》故事的主要内容如下。
1、崇祯末年，崇祯帝由于疼爱长女长平公主，屡次委任礼部选婿，俱为长平所拒绝。这晚在昭仁公主的陪同下，在乾清宫前连理树下选驸马，接见了由周钟引荐的太仆之子周世显，折服于他才勇双全，二人在含樟树下题诗以表心迹及订下百年之约。
2、崇祯皇帝听闻周世显中选省屏后，召他上殿面圣，得知他习文，虽然深为乱世文章难保江山而惋惜，但仍立即赐予驸马衔。在赐封之中，突然战鼓大作，当时闯军李自成成功攻入北京宫殿，明朝朝廷危在旦夕；崇祯见大势已去，赐周后及袁妃三尺红罗之后，不顾周世显的哀求，命令长平上殿殉国。
3、骨肉之情难分难离；仓促之间，崇祯误杀昭仁公主，而长平公主则中剑倒地，被周钟发现，未死，因而把她抱回家中去了。而崇祯本人在手刃众皇女后，自缢于煤山。
4、改朝换代之后，长平公主就在周钟的家中匿藏及养伤，得到周钟女儿瑞兰的悉心照顾，然而周钟的儿子宝伦是一个名利之人，打算出卖长平公主以求荣禄。
5、长平公主在得知学的阴谋之后万念俱灰，但幸好得到瑞兰移花接木，命维摩庵住持以意外身亡的道姑慧清和长平公主交换身份，长平公主因而可以逃离险境。周钟和宝伦以为长平公主已经去世，但适逢周世显寻至周府乞求长平公主的尸首，因而饱受周氏父子的奚落；而瑞兰则藉故避居于紫玉山房照应长平公主。
6、化身慧清的长平公主上山拾柴时，在庵外巧遇周世显，而周世显虽然百试是否长平公主本人，但她一一不肯相认。在庵中观音像之下，周世显继续尽力逼问，长平公主不堪他苦心一片，终于向他表露身份。
7、二人相约当晚于紫玉山房重聚，谁不知二人的行踪被周钟的手下识破了，并呈报了周钟知道。周钟得知之后，立即赶到维摩庵，要求周世显接长平公主回到皇宫中面圣。瑞兰在紫玉山房点上龙凤烛，以示庆贺周世显及长平公主重聚之喜。
8、周世显携同周钟父子及清室的宫女到紫玉山房以作准备迎接公主。长平公主在接见周世显时，以为他也是卖国求荣，因而大受刺激，拈银簪威胁刺目。在经过周世显的解释后，长平公主知道及明白他深思过，并以公主回朝作为厚葬崇祯及救出太子作交换条件。
9、长平公主随即写表，二人并誓言在成事之后就会共赴黄泉。周世显面见清帝时，为公主回朝展开谈判，而清帝为求安抚前朝（明朝）人心，于是一一答应，包括安葬前朝先帝及前朝太子等等要求。清帝答应要求后，长平公主上殿面见清帝，表示接纳及感谢清帝的安排，与周世显完婚。
10、在洞房花烛之夜，长平公主和周世显在当初选婿及定情时的含樟树下完婚，其后二人仰毒，双双自杀殉国。