由于水稻育秧期一般在4-5月，此时温度很不稳定，尤其是早晚温差比较大；如果气温骤降(日平均气温低于15℃)，或者昼夜温差过大，叶绿素的形成被夜间低温破坏，叶子变黄。此外，温度不稳定也会导致水稻出苗缓慢且不均匀；因此，已经出苗的冻苗根系吸收能力较差，天气转好后叶片蒸腾加剧。此时，如果幼苗缺水，水分入不敷出，削弱了根系对营养元素的吸收能力，容易导致幼苗迅速死亡。主要原因是气温低、温差大、土壤碱性、光照不好等。主要表现为幼苗枯萎，叶片自下而上变黄，病苗易被扯下，茎基腐烂有烂梨味，湿度高时基部有红梅，这是旱育秧常见的病害，常使整床苗死亡。
青枯病是水稻育秧期的一种生理性病害，常发生在水稻2.5叶期。由于低温、温差过大、土壤碱性等原因，根尖受损，病苗枯萎死亡。恶苗病是一种种传病害，苗细，叶鞘和叶片细长，叶片无病斑，株高高于健康植株，部分病苗死于苗期。入田后，病苗往往在成熟期生根，但往往在后期生长不正常。蓟马在我国水稻上有加重危害的趋势，尤其是直播稻田，通常造成梢部失水和纵向干燥；扦插严重时，秧苗变绿，分蘖缓慢。通常梅雨季节多雨天气，危害严重。生长良好的田地容易出现。
蓟马在冬春季节可清除田间及周边沟渠中的杂草，可消除越冬虫源。播种前用吡虫啉等化学药剂拌种较好。加强苗期田间管理，培育壮苗，可增强抗虫性。水稻卷叶率在秧田大于10%，大田大于20%时，需用25%噻虫嗪2000-2500倍液，20%丁硫克百威1500倍液，或丁硫克百威与吡虫啉等化学药剂混合后，依次喷雾防治。症状是水稻地上部分因失水过快而死亡，幼苗死亡时仍为绿色；另一种是本田后期发生的细菌性基腐病，表现为田间偶发性发生，甚至一丛中只有一株或两株发病，患病植株基部的茎节变硬变黑，有臭味。生理性青枯病常发生在水稻三叶期前后。主要是由于低温、寒冷后天气突然晴朗或温差过大造成的冷害，如水稻幼苗在揭盖接触前没有及时通风和回火，导致幼苗过度生长。揭盖触碰后，幼苗无法适应环境，造成幼苗内部供水不平衡，进而造成地上部分快速失水死亡。青枯病的防治主要是苗齐后及时通风培苗，只要不刮风，坚持阴天通风培苗。在水培苗场，在大风到来之前，通过调整水层，降温来保护幼苗。
立枯丝核菌和青枯雷尔氏菌的发生主要是由于地下部分的生长不平衡(如过度生长或根系损伤)，导致地下根系相对较差，发育不良。特殊天气后，当地上叶片蒸发量大时，根系供水不足，导致地上部分脱水死亡。化学防治可使用15%立枯净，每亩稻田使用100克化学药剂，掺入50-60公斤水，晴天下午3点后喷洒2次，7天一次，效果良好。或65%敌松可湿性粉剂1.5公斤，或多菌灵混60公斤水2公斤。