疾病预防控制中心（以下称：疾控中心）和职业病防治院（以下称：职防院）主要在单位设立、工作内容、组织架构上存在区别，以武汉为例，具体如下：
1、单位设立区别
疾控中心根据工作需要，分别设立区县级、地市级、省级以及国家级疾病预防控制机构，通过不同级别、分类管理，加强对全国疾病预防控制和公共卫生服务工作的开展；
职防院一般以市级为单位成立部门，一站式职业卫生技术服务的专业职业病防治机构，主要负责全市的职业相关疾病和放射疾病的诊断和治疗。
2、工作内容不同
疾控中心主要是围绕国家疾病预防控制重点任务，包括传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理，开展疾病监测，收集、报告、分析和评价疾病与健康危害因素等公共卫生信息；
健康教育与健康促进，对公众进行健康指导和不良健康行为干预；疾病预防控制技术管理与应用研究指导等。
职防院是提供职业病危害检测与评价、职业健康体检、职业病诊断与治疗、职业健康教育与科研促进一站式服务的专业职业病防治机构，涵盖工业企业职业卫生与放射卫生及医疗机构放射卫生。
3、组织架构不同
疾控中心根据工作分工主要包括：传染病预防控制所、艾滋病预防控制所、血吸虫病与地方病预防控制所、消毒与病媒生物防制所、慢性非传染性疾病预防控制所、健康教育所、病原生物检测所、环境健康与食品安全检测所和信息中心。
职防院主要包括：设有健康管理科、职业卫生科、放射卫生科、医疗科（下设企业服务部）、卫生检验科、临床检验科、放射科、特检科、药剂科、公共卫生科等10个业务科室。
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参考资料：/
www.whzfy.org.cn/zfygk/about/show/1.aspx"target="_blank"title="武汉市职业病防治院-简介">武汉市职业病防治院-简介
参考资料：/baike.baidu.com/item/%E6%AD%A6%E6%B1%89%E5%B8%82%E7%96%BE%E7%97%85%E9%A2%84%E9%98%B2%E6%8E%A7%E5%88%B6%E4%B8%AD%E5%BF%83/1832650?fr=aladdin#5_2"target="_blank"title="百度百科-武汉市疾病预防控制中心">百度百科-武汉市疾病预防控制中心