1941年9月17日，PR.I型（W4055）对法国德占区的Bordeaux波尔多和LaPallice进行首次侦察任务。
1942年5月30-31日，第105中队的四架B.IV型参加对科隆的“千机轰炸”。之后，“蚊式”参加了几乎每一次夜间轰炸行动。由于速度快，基本上可以避免德国截击战斗机的截击，通常做为轰炸机编队的前导机。在飞临目标上空后，用燃烧弹在目标区炸出火光，为后续重型轰炸机编队指示目标。德国对“蚊”式恨之入骨，但是没有能够有效截击“蚊”式的飞机，一直到He-219和Me-262的夜间战斗型服役后，情况才稍有改观。为了截击“蚊”式，德国还专门摹仿“蚊”式的结构，设计了全木结构的福克·沃尔夫Ta-154来对抗“蚊”式。德国人对木结构本身并不在行，Ta-154在试飞中结构多次出现破坏，加上生产胶水的工厂被盟军炸毁，Ta-154未能批生产。
影响最大的轰炸行动是1943年1月31日，当天上午戈林准备在柏林的阅兵式上讲演。早上，第105中队的“蚊”式从柏林上空编队飞过，阅兵式不得不取消。改在下午进行的阅兵式又因为第139中队的“蚊”式再次飞临柏林上空而再次取消，准备再下午发表鼓励性演说的戈培尔也被迫取消演讲。这两次轰炸虽然一枚炸弹都未投下，但却使戈林、戈培尔夸下的“没有任何敌机能在白天飞临柏林上空的海口，变成了笑话。
“蚊”式高速、远程的特点使它能够胜任突破敌方空防，以超低空袭击位于敌方纵深的点目标，所以在执行特殊任务时有用武之地。著名的战斗有以下战例：
1942年9月25日，“蚊”式长途奔袭，攻击位于奥斯陆中心的德国盖世太保司令部大楼，以烧毁大楼中的挪威抵抗运动的资料和档案，避免抵抗运动遭到破坏。“蚊”式飞机成功地炸毁了大楼，临近的街区未被破坏。
1944年1月，法国抵抗运动通知英国情报部门，在法国亚眠的监狱里关押着100多个英国空军的被俘飞行员。为营救这些飞行员，必须用飞机精确的在监狱的外墙上炸开若干缺口或大洞，同时摧毁德国看守的营房。2月18日晚10点55分，19架“蚊”式从英国机场起飞，在“台风”飞机的护航下执行“Ericho”计划。“蚊”式准确地在监狱的围墙上炸开一个大缺口，并且炸毁了看守的营房。绝大多数飞行员在抵抗运动的接应下安全脱险。
其他类似战例还有轰炸海牙的中央登记处、哥本哈根的ShellHouse等。
“蚊”式FB.XVIII多用途战斗机在装备海岸警备司令部后被用来袭击进入或离开法国德占区“U”艇基地的德国潜艇。在潜艇进出港口时都要在港口外的浅海区域保持水面航行状态，此时的潜艇容易被飞机攻击。为了保证潜艇的安全，德国人为在此航行阶段的潜艇组织严密的护航，使用的护航船只为扫雷艇和一种钢网水泥船壳的火力艇“Sperrbrecher”。“蚊”式凭借机上的大口径火炮、炸弹和大速度在这时发动攻击。例如：1944年3月27日，6架FB.VI和2架FB.XVIII攻击LaPallice港出发，由4艘M型扫雷艇、两艘“Sperrbrecher”护航的U-960，和护航船队发生激烈战斗，U-960被严重毁损，3艘扫雷艇被击伤，两架“蚊”式被击伤，一架被击落。据资料记载，一共有8艘U艇为“蚊”式击沉，分别是U-976、U-821、U-998、U-804、U-843、U-1065、U-25、U-2359。
英国还利用“蚊”式的性能优点执行若干特殊任务：秘密往来于中立国瑞典的斯德哥尔摩和英国间，运送外交邮袋、信使、英国急需的滚珠轴承、特殊人员等。著名的物理学家玻尔在逃脱纳粹追捕后就是被装在“蚊”式的炸弹舱内送到英国的。在飞越挪威德国设防地区时飞机尽量飞得高，避免被敌机截击，在北海上空再下降到低空。