第一临床医学院的附属医院为南方医院，第二临床医学院的附属医院为珠江医院。
第一临床医学院的招生专业更多。
学制不同。
师资力量也有差异。
南方医科大学第一临床医学院
第一临床医学院成立于2002年10月，设置在全国重点高等院校南方医科大学第一附属医院——南方医院。南方医院是一所大型综合性医院，先后被评为“三级甲等医院”、“全国百佳医院”。医院从1941年建院以来，几经历史沿革，于 2004年8月，随第一军医大学整体移交广东省，更名为南方医科大学第一临床医学院。
招生专业
临床医学（本硕博连读）八年制（医学博士学位）
临床医学五年制本科
口腔医学五年制本科
医学影像学五年制本科
医学检验（临床检验方向）四年制本科
医学检验技术三年制专科
南方医科大学第二临床医学院
学院编设14个临床教研室，44个专业科室，有7个专科实验室。为临床医学一级学科博士点和临床医学博士后流动站。是国家药物临床试验机构。神经外科为广东省重点学科和医学重点专科。拥有原全军神经医学研究所、优生优育计划生育技术研究所，骨科、儿科、耳鼻咽喉科、肿瘤医学等专科中心。招生专业：临床医学
学 制：五年。
授予学位：医学学士。
培养目标：培养从事临床医疗工作的通科医师。
主要课程：人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、中医学、妇产科学、儿科学、流行病学、预防医学及不同专业方向特殊需要的课程。
就业方向：在各医疗单位、医学科研单位从事临床医疗、教学或研究工作。也可继续攻读本学科或相关专业硕士学位。
可授予最高学位：博士。
医院归医院，学院归学院，怎么会相同？顶多是对口实习单位～第一临床医学院的学生会在南方医院学习？大一大二在南方医科大学顺德校区，大三回校本部，也就在南方医院旁边进去的地方学习，怎么会相同？我说的是医学院，是大学里面的一个学院组成（照你说，中大北校区即中山大学医学院，原来的中山医科大学，是属于中大？院的），不是医院。如果是第一临床医院的话肯定就是南方医院
追答医院也是学校的教学单位（二级学院）。当他招生或者承担教学任务的时候就是临床医学院了，和学校里的基础医学院、护理学院等等学院是平级的，当他承担社会医疗工作的时候就叫医院，两块牌子，一个机构。这并不矛盾。至于南方医科大学生在哪学习的情况，就不清楚了，我不是南方医科大的。中大北校区原是中山医科大学的校址，并入中山大学后改名中山大学中山医学院。也是中山大学的二级学院，下面设有各个系。
医院和医学院并不是有绝对不变的形式和界限，中国很多医学院都是建立在医院的基础上的，比如湘雅医学院是建立在湘雅医院上，协和医学院是建立在协和医院基础上，而且早期，医学生无论是基础课程、临床课程的学习阶段都是在医院完成的。比如中山大学附属第一医院同时也叫中山大学第一临床学院，如在研究生招生的时候，一般会用第一临床学院的名字。国内大多数医学院/医院都是这样的。而华西医院则更明确，它的全称就是“四川大学华西医院/华西临床医学院”。
至于“第一 临床学院 ”和“第一 临床医学院 ”这只是各地叫法不同，一回事。但是和临床教学医院、协作型附属医院就有所不同了。
都有临床医学专业，但分数线不一样的（第一比第二的高了不少）
都有临床医学专业，但分数线不一样的（第一比第二的高了不少）
追答第一的排名好，以后工资也多，做的事都一样