肝癌和肝硬化是不同的疾病，但肝癌大多是在肝硬化基础上发生的，因此，肝癌和肝硬化的临床表现有相似之处。例如，肝癌病人多数都有蜘蛛痣、肝掌、脾脏肿大等肝硬化的表现；肝硬化时的再生结节在超声和CT也会误认为肝癌，肝硬化也会有甲胎蛋白的升高等。 肝硬化结节和肝癌的鉴别主要是根据现代化的辅助检查手段，如B超、彩色多普勒超声、CT等。由于肝癌主要有肝动脉供血，彩色多普勒超声可以监测到肝癌内部的动脉血流，注射造影剂后的动态扫描会显示在早期有增强现象，而肝硬化结节无上述特征。 通过动态地观察甲胎蛋白和谷丙转氨酶的变化可以鉴别甲胎蛋白的升高是由肝癌引起亦或由肝硬化引起，例如肝癌时甲胎蛋白升高而谷丙转氨酶大多正常，肝硬化时甲胎蛋白的升高同时伴有谷丙转氨酶的升高，随着谷丙转氨酶的恢复正常，甲胎蛋白也恢复正常；此外，也利用甲胎蛋白异质体的检查鉴别甲胎蛋白升高的原因，肝癌产生的甲胎蛋白能可小扁豆凝集素结合，这种甲胎蛋白叫甲胎蛋白异质体，而肝硬化产生的甲胎蛋白不能和小扁豆凝集素结合。 通过以上方法鉴别依然困难的，必要时可以行肿瘤穿刺活检。
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