福州市食品药品监督管理局设有多个内设机构，以确保各项工作的高效进行。其中，综合办公室承担着综合协调日常政务的重任，包括文书档案管理、行政事务处理、信息宣传、教育培训、财务资产、人事管理和行政执法监督等。他们还负责行政处罚案件的审核，以及行政诉讼的应诉工作，并主持行政处罚听证。此外，综合办公室还协助实施医药从业人员的职业资格制度，负责局机关及直属单位的党群工作。
食品安全协调监察科的主要职责在于执行和监督国家、省、市的食品、保健品和化妆品监管法规，协调食品、保健品和化妆品的安全管理工作。他们负责收集并上报或经批准发布本区域内的食品重大安全事故调查处理，组织专项执法监督活动，以及参与应急救援工作。同时，他们还负责象山县食品安全委员会办公室的日常工作。
药品监督管理科根据相关法律、法规和规章，负责对辖区内的药品、药用辅料和包装材料的生产、经营、使用进行日常监督管理，确保药品质量的合规性。
医疗器械监督管理科则依据相关规定或上级机构的委托，对医疗器械的研制、生产和使用进行日常监管，保障医疗器械的安全和有效使用。
稽查大队是专门负责药品和医疗器械监察稽查的部门，他们负责对全县药品、医疗器械的质量进行监督抽查，接受并处理违反相关法规的举报和投诉，组织专项执法活动，并在必要时参与食品、保健品和化妆品安全的监察稽查工作。
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