高通量测序需要把三个平行都放在一起分析吗

Question

如题所述

Answer 1

高通量测序不需要把三个平行都放在一起分析。根据相关信息显示个PCR混合常用于高通量测序过程中，用于消除单次PCR带来的误差。近年来DNA聚合酶的活性和稳定性有了很大的提高，是否需要做那么多平行(时间、金钱、人力成本)开始受到人们的关注。实验实施于3个独立的实验室，测试不同环境（粪便、土壤、海洋沉积物、海水、皮肤、口腔、床垫灰尘样本）得到的373个样本，比较单次PCR和3次PCR混合产物经16S测序后的差异。结果表明单次PCR得到的reads显著高于三次PCR混合，且A.单次PCR的sequencingdropoutrate更低。B.alpha多样性(shannon)无显著差异，C.UnweightedUniFrac表征的beta多样性表明样本按照不同环境，而不是PCR平行数分开。D.WeightedUniFrac表明样本之间的差异不同环境>生物学重复>技术重复。