东莞目前共有6个主要铁路客运站，以及20个城际铁路车站：
东莞站：石龙镇与茶山镇交界处，可乘坐 广深城际动车、广潮(汕)动车、赣深高铁部分列车 和 部分普通列车，可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
东莞东站：位于常平镇，可乘坐 部分 全国普通列车，可换乘 莞惠城际 前往 东莞各镇街 及 惠州市各站；
东莞南站：位于塘厦镇，可乘坐赣深高铁列车、广深城际跨线列车前往粤东、江西等地，以及深圳北站、广州东站；
东莞西站(望洪枢纽站)：望牛墩镇与洪梅镇交界处，可乘坐 莞惠城际、穗莞深城际列车、佛莞城际(在建)；
虎门站：位于虎门镇，可乘坐全国各线G字头高速列车、香港特区G字头高速列车；可在地下层 虎门北站 换乘穗莞深城际列车前往广深各地、及深圳宝安机场；可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
常平站：位于常平镇，可乘坐广深城际动车、广潮(汕)动车、穗港直通车；
〈广惠城际铁路莞惠段〉
2017年12月全线通车，沿线各站可经此线前往 东莞西站 换乘 穗莞深城际列车；前往 常平东站(东莞东站)换乘全国各线普通列车；前往 小金口站(惠州站) 换乘全国各线普通列车。
东莞西站(望洪枢纽站)：
道滘站：位于道滘镇，可乘坐莞惠城际列车；
西平西站：位于东莞南城西平街道(地下站)，可乘坐莞惠城际列车，可换乘 地铁2号线 前往东莞各镇街；
东城南站：位于东城与南城交界处(地下站)，东城客运站 旁，可乘坐莞惠城际列车；
寮步站：位于寮步镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
松山湖北站：位于松山湖(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
大朗镇站：位于大朗镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
常平南站：位于常平镇(地下站)，可乘坐莞惠城际列车；
常平东站：位于常平镇，东莞东站 对面，可乘坐莞惠城际列车，可换乘全国各线普通列车；
樟木头东站：位于樟木头镇，可乘坐莞惠城际列车；
银屏站：位于谢岗镇，可乘坐莞惠城际列车；
〈广深城际铁路〉
东莞站
常平站
樟木头站：位于樟木头镇，可乘坐 广深城际动车 前往广深各地。
〈广深港高速铁路〉
虎门站
〈穗莞深城际铁路〉
2019年12月全线通车，沿线各站可经此线前往 东莞西站 换乘 佛莞惠城际列车；前往 广州东站 换乘全国各线普通列车、广深动车；前往 新塘南站 换乘广州地铁13号线列车；前往 虎门北站(虎门站) 换乘全国各线高速列车、地铁2号线列车；前往 深圳机场站(宝安机场) 换乘国内、国际航班。
中堂站：位于中堂镇与麻涌镇交界处，可乘坐穗莞深城际列车；
望牛墩站：位于望牛墩镇，可乘坐穗莞深城际列车；
东莞西站(望洪枢纽站)
洪梅站：位于洪梅镇，可乘坐穗莞深城际列车；
东莞港站(沙田站)：位于沙田镇，可乘坐穗莞深城际列车；
厚街站：位于厚街镇展览中心旁(地下站)，可乘坐穗莞深城际列车；
虎门北站(虎门站)：位于虎门站地下层(地下站)，可在地上 虎门站 换乘全国各线G字头高速列车、香港特区G字头高速列车；可乘坐 地铁2号线 前往东莞各镇街；
虎门东站：位于虎门镇商贸城旁(地下站)，可乘坐穗莞深城际列车；
长安西站：位于长安镇镇安西路，可乘坐穗莞深城际列车；
长安站：位于长安镇镇安中路，可乘坐穗莞深城际列车；
〈赣深高速铁路〉
2021年12月全线通车，可乘坐赣深高铁列车、广深城际跨线列车前往粤东、江西等地，以及深圳北站、广州东站 换乘全国各线普速列车、高速列车；
东莞南站
〈广惠城际铁路佛莞段〉
预计将于2022年5月通车
麻涌站
东莞的火车站有四个:石龙火车站，东莞站，东莞东站，樟木头火车站。
其中东莞站和东莞东站都在常平，其他两个在各自的镇区。
东莞火车站位于石龙镇西湖社区岭南东路，原东莞站于2013年6月20日更名为常平站，新建成的东莞石龙火车站命名为东莞站，东莞火车站是广深线东莞境内功能最完善、办理客车对数最多、旅客发送量最大、能够直接服务于东莞中心城区的车站，是铁路与轨道交通、城市公交接驳换乘的综合交通枢纽，是主要承担东莞往广州、深圳、香港和惠州方向的短途客运，预留长途车始发终到的条件。
新东莞火车站1月8日启用。届时广九列车将率先停靠新东莞站，春运期间将加开往南昌、武昌和阜阳方向列车。东莞火车站功能分区合理，进出站几乎都是直线行进，从最远站台到出站口正常行走耗时不到1分钟。届时全市有17条公交线路可直达东莞火车站，另有9条公交线路途经东莞火车站旁的茶山大道，不直接进站。备受关注的东莞火车站口岸功能则暂未开通。东莞火车站开通后，旧石龙火车站将只保留货运功能
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