迄今为止，基因工程中使用的限制酶绝大部分都是从细菌或霉菌中提取出来的，它们各自可以识别和切断dna上特定的碱基序列。细菌中限制酶之所以不切断自身dna，是因为微生物在长期的进化过程中形成了一套完善的防御机制，对于外源入侵的dna可以降解掉。生物在长期演化过程中，含有某种限制酶的细胞，其dna分子中或者不具备这种限制酶的识别切割序列，或者通过甲基化酶将甲基转移到所识别序列的碱基上，使限制酶不能将其切开。这样，尽管细菌中含有某种限制酶也不会使自身的dna被切断，并且可以防止外源dna的入侵
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