据史料记载，清光绪二十年（1894年）十月二十八日，珍妃遭到了“褫衣廷杖”，这是指脱掉犯人的衣服当众责打，从肉体和精神上折磨受刑者。
在明朝，这通常是针对于朝中大臣，到了清朝一般是针对太监或宫女、仆役等下层阶级，皇妃遭此惩处极为罕见，心理素质差一点的，从此就没脸见人了。如果不是极度厌恶珍妃，慈禧不会这么对待她。
但这还不是珍妃遭受过的最残酷的待遇。光绪二十六年（1900年）八月初，八国联军进攻北京，慈禧惊慌失措，挟持光绪帝仓皇西逃，逃走前还不忘弄死珍妃，命太监崔玉贵和宫女王德环将珍妃推入井中溺毙。
慈禧为什么这么恨珍妃呢？主要有两方面的原因：
一、光绪过于宠爱珍妃，冷落了慈禧的侄女隆裕，让慈禧通过侄女进一步控制光绪的计划受挫
众所周知，光绪不是慈禧的亲儿子，他的父亲是醇亲王奕譞，母亲是慈禧的亲妹妹叶赫那拉·婉贞。慈禧之子同治帝驾崩后，慈禧过继他继承大统。
那时光绪只有四岁，慈禧垂帘听政。但小孩子总会长大，按照清朝的习惯，皇帝大婚后就要亲政，而慈禧尝过手握大权的滋味，并不想退回内宫，心腹们在她的暗示下想出了“凡遇召见引见，皇太后升座训政”的招式，也就是通俗所说的“太后训政”，实质上和垂帘听政并没有什么区别。
（不漂亮的隆裕）
但光这样还不保险，为了进一步监视、控制光绪，慈禧将自己的内侄女静芬嫁给光绪做皇后，也就是后来的隆裕。
可光绪不傻，他有心改革变法振兴大清，早对慈禧不满，又怎么会不明白她的用心？哪怕隆裕是个天仙，他也得敬而远之。何况隆裕长得非常普通，甚至可以说丑陋。
同期进宫的珍妃则聪明机敏，美丽活泼，而且她之前生活在较为开放的广州，接触过更为先进的思想，崇尚西学，精神上和光绪较为契合。所以极得光绪的欢心。
慈禧一恨自家侄女没本事，对隆裕百般看不顺眼；二恨珍妃是个狐媚子，迷惑君心。
二、珍妃仗着光绪的宠爱，插手朝政，犯了慈禧的忌讳
如果说珍妃和隆裕争宠只是后宫的事，那么她仗着光绪的宠爱插手朝政，就犯了慈禧的忌讳。虽然慈禧主政，但她并不希望出现另一个自己，对于胆敢干政的珍妃起了杀心。
很多小说或影视剧里，珍妃都是个楚楚可怜而又坚定坚强的正面角色，她深明大义，千方百计的支持光绪变法，可敬可佩。
这是真的。但她还有另一面，晚清的《宫女谈往录》中，有位老宫女这么评价珍妃：“提起珍妃来，她并不是块美玉，更不是出淤泥而不染的人物。她也弄过权，卖过官。”
珍妃卖官鬻爵是事实，在慈禧看来，她就是想模仿自己，走自己的路子，和自己争权夺利，自然大怒，逃走前都要致她于死地。
