1、适用对象不同。监察机关调查权的适用对象是涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪的公职人员,监察对象是行使公权力的公职人员。检察机关等行使的侦查权,适用对象是涉嫌刑事犯罪或经济犯罪的人员,涵盖了涉嫌刑事犯罪和经济犯罪的公职人员,军人违反职责的犯罪和军队内部发生的刑事案件以及其他依照法律和规定应当由其他机关管辖的刑事案件的例外
2、行使权利不同。监察机关行使调查权。监察委员会是政治机关而非司法机关,决定重要调查事项要由同级党委、上级监委批准。检察机关行使侦查权,这种特定的主体资格由法律来规定和认可。
3、法律依据不同。监察机关调查权的适用依据是监察法,突出体现惩戒与教育相结合,宽严相济。检察机关侦查权的适用依据主要是刑事诉讼法,突出体现公安机关办案时保障人权与打击犯罪并重,公正与效率平衡。