最近在冈比亚、埃及和沙特阿拉伯的研究显示，“成人一次性口服1克阿奇霉素”对治疗沙眼衣原体病有良好的疗效，然而阿奇霉素价格昂贵，是一个值得关心的问题。
抗菌素治疗活动性沙眼感染人群是相当重要的.自从二十世纪五十年代早期，沙眼的治疗主要依靠长期局部使用四环素。沙眼衣原体对一些抗生素包括磺胺类药物、红霉素和四环素敏感。四环素眼膏因其价格低效果可靠，因此得到广泛使用。四环素在短期降低炎症性沙眼的患病率和严重性是有效的，但这种治疗被认为是抑制性的，而不是治愈性的，故需长期使用才能加强其疗效。1%四环素眼膏，每日2次，共计6个月。或间断治疗，2次/每日，连续5天/月。或1日/月，连续10天/月，至少连续用药6个月/年。个体局部使用四环素将导致沙眼衣原体感染的消失和继发性细菌感染的降低。这将短期降低现存的和严重的眼部感染，而眼外的衣原体感染并没有受到影响，眼部会发生自身的再感染。此外，如果在一个经过抗生素治疗的社区内，不是所有的感染的人得到有效的治疗，则衣原体的传播会重新开始。对于流行地区应采取群体治疗和家庭治疗，即对活动性沙眼的患者群体或个体/家庭局部抗生素治疗，对于严重患者应附加全身抗生素治疗，最初使用磺胺，但后来被四环素、土霉素或强力霉素所取代。口服四环素：250mg，每天4次，共3周。或强力霉素100mg，每天1次，共3周。对于儿童或孕妇推荐使用红霉素250 mg，每天4次，共3周。
世界卫生组织（WHO）提出了有效的控制沙眼的四个要素即SAFE战略。
SAFE由四个英文字头组成，S=Surgery手术,A=Antibiotics抗生素，F=Facial Cleanliness洁面，E=Environmental improvements改善环境。具体内容如下：
S手术矫正沙眼性倒睫：用双层睑板旋转内翻矫正术使磨擦角膜的倒睫向外翻转，可防止睫毛磨擦角膜进而引起进一步丧失视力，这是有效的预防沙眼性盲的“最后机会”，并且是最急需采取的行动。
A抗菌素治疗活动性沙眼感染人群：定期检查和治疗活动性沙眼患者是很重要的，活动性沙眼病例1%四环素眼膏涂眼每天两次，用药六周。
F洗面和清洁眼部：增加洗脸的次数以保持面部清洁可有效地防治沙眼，同时要注意毛巾和脸盆专人专用，以防沙眼微生物相互传播。
E环境的改善（水和卫生）以消灭沙眼：改进水的供应、卫生和居住环境（包括垃圾的处理、消灭苍蝇、睡眠区的分隔与通风），能够预防沙眼，这是控制沙眼中需长期进行的最艰巨的工作。
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